Question

我已经开始完成snakemake教程，并且从那里开始的第一个工作流程不起作用。这是我使用的规则：

rule make_a_copy:
    input:
        "a.txt"
    output:
        "a_copy.txt"
    shell:
        """
        copy {input} {output}
        """

然后我使用以下方法运行工作流程

snakemake -p a_copy.txt

这将产生以下输出：

Building DAG of jobs...
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
    count   jobs
    1   convert_to_upper_case
    1

[Thu Nov 21 15:33:18 2019]
rule convert_to_upper_case:
    input: a.txt
    output: a_copy.txt
    jobid: 0


        copy a.txt a_copy.txt

Waiting at most 5 seconds for missing files.
MissingOutputException in line 1 of D:\OneDrive\projects\reproducible_research_course\snakemake\Snakefile:
Missing files after 5 seconds:
a_copy.txt
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: D:\OneDrive\projects\reproducible_research_course\snakemake\.snakemake\log\2019-11-21T153318.425144.snakemake.log

如果我在cmd中运行copy a.txt a_copy.txt（我在Windows上），该命令的确会生成一个a.upper.txt文件。

我想念什么？

Answer 1

由于@ the-unfun-cat和@Colin的评论，我发现了问题所在。仅执行shell命令字符串的第一行。因此，这些将起作用：

shell:
    "copy a.txt a_copy.txt"

shell:
    "    copy a.txt a_copy.txt    "

shell:
    """copy a.txt a_copy.txt"""

但是

shell:
    """
    copy a.txt a_copy.txt
    """

等效于

shell:
    "\n    copy a.txt a_copy.txt"

将不起作用，因为仅执行第一行（为空）。

Here是个比特桶问题，在2013年讨论了这个问题。snakemake的作者建议使用run代替shell：

rule:
  ...
  run:
    shell(" & ".join(xx))

这当然使代码不可移植，但他认为shell命令无论如何都不可移植。

为什么shellmake不执行shell命令

1 个答案: