R中融化的数据帧的热图可视化问题

时间:2019-11-20 15:46:00

标签: r

((如果我没有违反过任何张贴礼节,请让我知道,因为我以前没有在这里发帖)

我正在尝试获取我融化的数据帧的合适的热图。原始数据帧的每一行代表一种不同的蛋白质,每一列代表一种不同的细胞类型(3种细胞类型,每个都有3个质谱图,因此共有9列)。数据框包含每种细胞类型中每种蛋白质的相对TMT强度。

我已经熔化了数据框,因此有3列:第一列包含每种蛋白质作为原始数据框的索引,第二列包含细胞和质谱图,第三列包含相对TMT丰度。

我正在尝试使用ggplot制作热图,而当我这样做时,我在热图中始终会出现非常小的线条,且背景大多为灰色。我试过同时使用geom_tile()和geom_raster,但是两者给出的结果相同。下面总结了我的数据帧(原始数据帧和融合数据帧)以及我的代码。

Head of original dataframe(hclust.diff)

Head of melted dataframe(molten.diff)

代码:

molten.diff <- melt(as.matrix(hclust.diff))
names(molten.diff)[c(1:3)] <- c("Protein", "Cell", "value")

ggplot(data = molten.diff,
       aes(x = Cell, y = Protein, fill = value)) + 
  geom_raster() +
  scale_fill_distiller(palette = "RdYlBu") +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1),
        axis.text.y = element_blank())

产生的heatmap

非常感谢您的帮助。谢谢!

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