Question

受本文启发，我对微生物分类群和抗生素抗性基因进行了共现分析：https://doi.org/10.1016/j.watres.2018.12.034。我已经使用Hmisc软件包中的rcorr函数成功完成了分析。 ampC数据：https://drive.google.com/open?id=1WMCtFcavDerdiQMNuvlX9-7prns9xDYH 种类数据：https://drive.google.com/open?id=10Sh2rD8ZzFTn1xrL5YRHo6N1H3WMmuqV 我已经习惯使用x作为物种变量和y的环境参数表，在这种情况下为抗生素抗性基因。

x <- as.matrix(x)
y <- as.matrix(y)
rcorr_result <- rcorr(x,y, type = "spearman")

从这一点出发，我想使用rho值的相关矩阵来创建一个网络，以说明使用igraph软件包的门和ARG之间的共现。问题是我不确定数据必须以哪种格式表示实际的相关性。我采取了两种方法：
1。

result <- rcorr_result$r
graph <- graph_from_data_frame(result, directed = FALSE)
plot(graph)

它产生一个圆形的网络，并没有太多的交互作用。

第二种方法是提取表明发生率很高的相互作用，即rho值>0.6 / <-0.6。这将创建不同类型的数据帧，并产生完全不同的网络。 2。

data = which(abs(rcorr_result$r) > 0.6 & lower.tri(rcorr_result$r),arr.ind=TRUE)
graph <- graph_from_data_frame(data)
plot(graph, vertex.label=names)

因此，我需要了解进行这些分析时应使用哪种正确格式？此外，这是一项为节点和其他美学事物的物种和ARG分配颜色的任务。