我正在尝试使用R中的vegan软件包绘制RDA相关三线图(使用plot(rda_model)),但是对于使用哪种“缩放”感到困惑。
在Zuur(2007年,分析生态数据)中,scaling
指的是包含特征值平方根的对角矩阵的幂,并指出对于相关三重比例标度= 2。但是,Jari Oksanen(纯素食中的设计决策和实现细节)使用此术语(当使用plot(rda)时)用于通过特征值缩放位点或物种。
对于scaling
所指的事物,我将非常感谢有关如何进行关联三重图的建议。
M1=rda(SPECr~.,data = CHEMr,scale=TRUE)
summary(M1)
plot(M1,main="Correlation triplot",cex=1.1,scaling=2)#is this correct?
var.scall=scores(M1,choices=1:2,display="sp",scaling=2)
arrows(0,0,var.scall[,1],var.scall[,2],length=0,lty=1,col="red")