Question

请考虑以下内容：

使用survminer包，我们可以为使用survival包创建的生存对象绘制'log-log'图。软件包开发人员@kassambara here早已对此进行了介绍。

直到最近一切正常，但是在更新了R和RStudio的较新版本后，我收到警告消息和空白图表。

require("survival")
#> Loading required package: survival
require("survminer")
#> Loading required package: survminer
#> Loading required package: ggplot2
#> Loading required package: ggpubr
#> Loading required package: magrittr
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, fun = "cloglog")
#> Warning: Transformation introduced infinite values in continuous x-axis

#> Warning: Transformation introduced infinite values in continuous x-axis

print(sessionInfo(), locale = FALSE)
#> R version 3.6.1 (2019-07-05)
#> Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
#> Running under: Windows 10 x64 (build 16299)
#> 
#> Matrix products: default
#> 
#> attached base packages:
#> [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] survminer_0.4.6   ggpubr_0.2.3      magrittr_1.5      ggplot2_3.2.1    
#> [5] survival_2.44-1.1
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] Rcpp_1.0.1        pillar_1.4.2      compiler_3.6.1   
#>  [4] highr_0.8         tools_3.6.1       digest_0.6.20    
#>  [7] nlme_3.1-140      evaluate_0.14     tibble_2.1.3     
#> [10] gtable_0.3.0      lattice_0.20-38   pkgconfig_2.0.2  
#> [13] rlang_0.4.0       Matrix_1.2-17     yaml_2.2.0       
#> [16] xfun_0.8          gridExtra_2.3     withr_2.1.2      
#> [19] stringr_1.4.0     dplyr_0.8.3       knitr_1.23       
#> [22] survMisc_0.5.5    generics_0.0.2    grid_3.6.1       
#> [25] tidyselect_0.2.5  data.table_1.12.2 glue_1.3.1       
#> [28] KMsurv_0.1-5      R6_2.4.0          km.ci_0.5-2      
#> [31] rmarkdown_1.15    tidyr_0.8.3       purrr_0.3.2      
#> [34] backports_1.1.4   scales_1.0.0      htmltools_0.3.6  
#> [37] splines_3.6.1     assertthat_0.2.1  xtable_1.8-4     
#> [40] colorspace_1.4-1  ggsignif_0.6.0    labeling_0.3     
#> [43] stringi_1.4.3     lazyeval_0.2.2    munsell_0.5.0    
#> [46] broom_0.5.2       crayon_1.3.4      zoo_1.8-6

^{由reprex package（v0.3.0）于2019-09-04创建}

我的RStudio版本是1.2.1335

我已与软件包开发者here进行了标记，但他似乎无法重现相同的错误（请参见here）。

对我来说，该错误在Windows和Mac上均会发生。同时，我用update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)更新了两个系统上的所有软件包，但没有成功。奇怪的是，我的一个与较旧版本的R和RStudio一起工作的同事可以像程序包开发人员一样很好地画图。

我在做什么错，我该怎么办？

谢谢！

更新
回滚R和程序包的多个版本，我发现有效的版本（R和程序包）的一种组合。我不完全了解这是怎么回事，但是似乎一个或多个软件包与R版本的交互作用不佳。我在此处附上工作组合的会话信息，然后将其留给策划者进行进一步的探讨（如果有兴趣的话）。

require("survival")
#> Loading required package: survival
require("survminer")
#> Loading required package: survminer
#> Warning: package 'survminer' was built under R version 3.5.3
#> Loading required package: ggplot2
#> Warning: package 'ggplot2' was built under R version 3.5.3
#> Loading required package: ggpubr
#> Warning: package 'ggpubr' was built under R version 3.5.3
#> Loading required package: magrittr
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, fun = "cloglog")

print(sessionInfo(), locale = FALSE)
#> R version 3.5.1 (2018-07-02)
#> Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
#> Running under: macOS  10.14.6
#> 
#> Matrix products: default
#> BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
#> LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
#> 
#> attached base packages:
#> [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] survminer_0.4.2 ggpubr_0.2.3    magrittr_1.5    ggplot2_3.1.1  
#> [5] survival_2.42-3
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] Rcpp_1.0.2        compiler_3.5.1    pillar_1.4.2     
#>  [4] plyr_1.8.4        highr_0.8         tools_3.5.1      
#>  [7] digest_0.6.20     nlme_3.1-137      evaluate_0.14    
#> [10] tibble_2.1.3      gtable_0.3.0      lattice_0.20-35  
#> [13] pkgconfig_2.0.2   rlang_0.4.0       Matrix_1.2-14    
#> [16] cmprsk_2.2-7.1    yaml_2.2.0        xfun_0.9         
#> [19] gridExtra_2.3     withr_2.1.2       stringr_1.4.0    
#> [22] dplyr_0.8.3       knitr_1.24        survMisc_0.5.5   
#> [25] generics_0.0.2    grid_3.5.1        tidyselect_0.2.5 
#> [28] data.table_1.12.2 glue_1.3.1        KMsurv_0.1-5     
#> [31] R6_2.4.0          km.ci_0.5-2       rmarkdown_1.15   
#> [34] tidyr_0.8.3       purrr_0.3.2       backports_1.1.4  
#> [37] scales_1.0.0      htmltools_0.3.6   splines_3.5.1    
#> [40] assertthat_0.2.1  xtable_1.8-4      colorspace_1.4-1 
#> [43] ggsignif_0.6.0    labeling_0.3      stringi_1.4.3    
#> [46] lazyeval_0.2.2    munsell_0.5.0     broom_0.5.2      
#> [49] crayon_1.3.4      zoo_1.8-6

^{由reprex package（v0.3.0）于2019-09-05创建}

可能的解决方法
@Robbe的答案是可能的解决方法！我犹豫是否将其标记为正确答案。任何对此的建议也将受到欢迎。

Answer 1

我遇到了与您相同的错误，但是您可以通过设置xlim在x轴上省略0来使其起作用：

fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, fun = "cloglog", xlim = c(1, 1000))

这是因为x轴是对数变换的，而log（0）是负无穷大，这会导致错误。

ggsurvplot似乎不会自动执行此操作，而例如plot可以：

fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
plot(fit, data = lung, fun = "cloglog")

带有警告消息：

1: In xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) :
  1 x value <= 0 omitted from logarithmic plot

Answer 2

这是我认为应该完成的事情：

t1:  1
t2:  1

撰写电子邮件并发送：

#identify the proper destination for the issue
 maintainer("survminer")
[1] "Alboukadel Kassambara <alboukadel.kassambara@gmail.com>"

我确实发送了。

在R：survminer :: ggsurvplot中，fun =“ cloglog”返回警告消息和空图

2 个答案: