Question

我写了下面的蛇文件来运行Busco。

fasta_files = ["seq1", "seq2"]

rule all:
    input:
        expand('run_{file}/short_summary_{file}.txt', file = fasta_files)

rule run_busco:
    input:  
        fa="{file}.fasta", 
        lineage="home/nagaraap/Downloads/Softwares/busco-master/metazoa_odb9"
    output: "{file}"
    params:
        threads = 30
    log:
        "logs/{file}.log"
    shell:  "run_BUSCO.py -i {input.fa} -c {params.threads} -o {output} -m geno -l {input.lineage} &> {log}"

我得到的错误如下：

* .smk第9行中的
PeriodicWildcardError：通配符中的值.fasta 文件定期重复（run_seq1 / short_summary_seq1.fasta.fasta.fasta.fasta.fasta.fasta）。这将导致无限递归。为了避免这种情况，例如限制将此规则中的通配符设置为某些值。

这是什么意思？

谢谢。

Answer 1

假设您正在运行run_busco来生成sample.fasta。这意味着该文件的输出等于该字符串，因此通配符file变为sample.fasta。

您指定了该规则需要{file} .fasta作为输入，当我们扩展通配符时，它将变成sample.fasta.fasta。唯一允许生成此文件的规则是run_busco，这意味着通配符file变为sample.fasta.fasta。然后，如果我们用这个字符串填充{file} .fasta，它将变成...

您所要做的就是更改输出以在通配符文件中不包含.fasta：

rule run_busco:
    input:  
        fa="{file}.fasta", 
        lineage="home/nagaraap/Downloads/Softwares/busco-master/metazoa_odb9"
    output: "{file}.fasta"  <---- This should help!
    params:
        threads = 30
    log:
        "logs/{file}.log"
    shell:  "run_BUSCO.py -i {input.fa} -c {params.threads} -o {output} -m geno -l {input.lineage} &> {log}"

编辑：

rule run_busco:
    input:  
        fa="{file}.fasta", 
        lineage="home/nagaraap/Downloads/Softwares/busco-master/metazoa_odb9"
    output: directory("run_{file}")
    params:
        threads = 30
    log:
        "logs/{file}.log"
    shell:  "run_BUSCO.py -i {input.fa} -c {params.threads} -o {output} -m geno -l {input.lineage} &> {log}"

看看directories as output

snakefile中的PeriodicWildCardError

1 个答案: