Question

我有一个函数fun，它依赖于外部函数external（即来自某些程序包）。如何收集字符向量中来自external的所有警告？

这是最小设置：

# External function from another package.
external <- function() {
    warning("warning from external...")
}


# Function meant to capture the warnings.
fun <- function() {
    # Create variable to store the warnings.
    warns <- vector("character")

    # Create connection for the sink.
    connection <- textConnection("warns", "wr", local = TRUE)

    # Start collecting.
    sink(connection, type = "message")

    # Call external function and produce a warning.
    external()

    # Reset the sink.
    sink(type = "message")

    # Close the connection.
    close(connection)

    return(warns)
}

输出如下：

x <- fun()
# Warning message:
# In external() : warning from external...

print(x)
# character(0)

我对suppressWarnings不感兴趣，而是记录了这些警告。当我在函数外使用sink时，它似乎可以正常工作，就像this answer所示。

Answer 1

您可以使用tryCatch：

fun <- function() {
  tryCatch(external(), warning = function(my_warn) my_warn$message)
}

x <-fun()

x
# [1] "warning from external..."

Answer 2

如果要将警告存储在字符向量中，可以尝试使用evaluate()软件包中的evaluate函数：

external <- function() {
  warning("warning from external...")
}

# Function meant to capture the warnings.
fun <- function() {
   #some operation
   x=1+2;
   warnings_ls = evaluate::evaluate(external())
   return(list(value=x,warn=warnings_ls))
}

x <- fun()

> a$warn[[1]]$src
[1] "warning from external..."

> a$value
[1] 3

Answer 3

作为上述答案的补充，warn选项（请参阅?options）说：

设置警告消息的处理。如果warn为负，则忽略所有警告。 如果warn为零（默认），则警告会一直存储到顶级函数返回。如果发出10个或更少的警告，则会打印警告，否则会显示一条消息，说明已发出多少警告。创建了一个名为last.warning的对象，可以通过功能warnings打印该对象。 如果警告为1，则会在出现警告时进行打印。如果warn为2或更大，则所有警告都将变为错误。

从这种意义上说，在options(warn = 1)之前设置sink可以捕获警告消息。重置warn（即sink）后，可以将options(warn = 0)恢复为默认值。然后，fun类似于：

fun <- function() {
    # Print warnings as they occur.
    options(warn = 1)

    # Create variable to store the warnings.
    warns <- vector("character")

    # Create connection for the sink.
    connection <- textConnection("warns", "wr", local = TRUE)

    # Start collecting.
    sink(connection, type = "message")

    # Call external function and produce a warning.
    external()

    # Reset the sink.
    sink(type = "message")

    # Close the connection.
    close(connection)

    # Restore default warning behavior.
    options(warn = 0)

    return(warns)
}

具有以下输出：

fun()
# [1] "Warning in external() : warning from external..."

如何在R中的另一个函数中使用`sink`函数？

3 个答案: