如何使用stat_compare_means在ggline图中指定配对比较?

时间:2019-08-26 00:43:28

标签: r ggplot2 ggpubr

我正在尝试绘制具有三组的线图,并使用Wilcoxon检验分别比较每两个组,而不是使用kruskal-wallis检验将所有组一起比较。

我学习了如何在箱形图(http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/)中进行这些操作,但是当我尝试时,它在折线图中不起作用。

g <- ggline(df2, x = "time", y = "diam", add = "mean_se", color = "treat", 
         legend.title = "Treatment\nType") +

stat_compare_means(label = "p.signif", method = "wilcox.test",
                 ref.group = ".all.", hide.ns = FALSE)

上面的代码生成以下消息:

  

警告信息:
  stat_compare_means()中的计算失败:
  '* .x轴的npc坐标应为[0-1]中的数值或包括右,左,中,中,中,中之一的字符串

当我尝试更改代码中的ref.group时,会收到不同的消息,例如:

  

警告消息:
  1:在f(...,self = self)中:强制引入的NA
  2:stat_compare_means()中的计算失败:
  缺少需要TRUE / FALSE的值”

我最终想要得到这样的东西(https://imgur.com/a/liMcxtY)。

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