ggplot2：如何将小点与小提琴图分组？

Question

我想绘制x轴为exon的小提琴图，但是我想对这些图进行分组。如果它只是小提琴，这是可行的，但是当我出于某种原因添加抖动时，它没有响应正确的aes并自行绘制吗？这是一个可复制的代码，其中包含错误的屏幕快照。谢谢！

set.seed(1)
df <- data.frame(
  exons = c(rep("e1", 200), rep("e2", 200)),
  values = rnorm(400, 200, 40),
  group = c(
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50),
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50)
  )
)

ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin() +
  geom_jitter(shape = 16, position = position_jitter(0.07))

因此，如果该图有效，则应该在每个外显子的每个组内绘制点，但是这里显然不是。

Answer 1

您可能同时需要position_dodge()和position_jitterdodge()

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_point(position = position_jitterdodge(seed = 1, dodge.width = 0.9))

另一个值得一提的选择是ggbeeswarm软件包中的geom_quasirandom()函数

library(ggbeeswarm)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_quasirandom(dodge.width = 0.9, varwidth = TRUE)

^{由reprex package（v0.3.0）于2019-08-10创建}

Answer 2

您的意思是这样吗？

set.seed ( 1)
df = data.frame ( 
  exons = c(rep("e1", 200), rep("e2", 200))
  ,values = rnorm(400,200,40)
  ,group = c(rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3",50),
             rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3",50) )
)

ggplot(df, aes(y= values  , x= exons , fill = group )) +
  geom_violin()+ 
  geom_jitter(shape=16, position=position_jitter(width = NULL, height = NULL))

您可以定义x和y方向上的抖动程度。