Python脚本错误使Phaster混乱

时间:2019-07-11 07:46:21

标签: python bioinformatics

我通过将Github目录克隆到我的HOME文件夹中来安装PHASTER。但是,键入命令后

phaster.py --contigs --fasta path/to/genome.fasta

我读到这个错误

  

2019-07-11 14:32:02,389 INFO:TH19.fna的提交出现   成功

     

2019-07-11 14:32:02,390信息:job_id:ZZ_0f276b0c53

     

2019-07-11 14:32:02,390信息:错误:序列头未打开   第一行。请检查!

     

回溯(最近通话最近一次):

     

文件

中的文件“ /home/fox/phaster_scripts/phaster.py”,第162行
job_id, status, date = submit_job(fasta, options.url, {"contigs": int(options.contigs)})
     

文件“ /home/fox/phaster_scripts/phaster.py”,第99行,在Submit_job中       返回r_dict [“ job_id”],r_dict [“ status”],datetime.datetime.now()

     

KeyError:'状态'

有人知道如何解决这个问题吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

这是相位脚本check this

的一个已知问题