Question

我正在使用Perl从不同的多个目录中逐步复制多个.txt文件。

我有以下文件夹：A_1，A_2，A_3，...
A_1文件夹中的文件列表为：
V_3_C_1.txt，V_3_C_2.txt，...，V_3_C_38.txt和
V_1_C_1.txt，V_1_C_2.txt，...，V_1_C_38.txt。由于某些原因，A_1文件夹中的文件可以分为V_3和V_1

A_2文件夹中的文件列表为：
V_4_C_1.txt，V_4_C_2.txt，...，V_4_C_38.txt和
V_1_C_1.txt，V_1_C_2.txt，...，V_1_C_38.txt。
A_2文件夹中的文件可以分为V_4和V_1

我要运行Perl的系统（java程序）。我要提取文件名部分的第一件事。我的代码在这里：

my % seen;
my @dups;
my @unqie;

my $file_list = '/home/V/Documents/A_1';
opendir (DIR, $file_list) or die "Could not open $file_list\n";  
my @vcf_files = grep (/\.txt$/, readdir DIR);  

for my $line (@vcf_files) {
    my @vcf_index = split ('_' , $line);
    my @dups = grep ++$seen{$_} ==2, $vcf_index[1]; #get the unique values, for example in `A_1` folder, I try to extract 3 and 1 from `V_3` and `V_1  `  
    push @unqie, @dups; #push into array for next steps. 

    for (my $i=1; $i <=38; $i++) {
        my @external_command = (
            "java",
            "-jar",
            "/home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar",
            "gt=/home/V/Documents/A_1/V_".$unqie[0]."_C_".$i."\.txt",
            "out = .............."
        );
        my @external_command_1 = (
            "java",
            "-jar",
            "/home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar",
            "gt=/home/V/Documents/A_1/V_".$unqie[1]."_C_".$i."\.txt",  
            "out = .............. "
        );

        my $out = system(@external_command);
        my $out_1 = system(@external_command_1);
        # ....
    }
}

对于此代码，java程序运行良好。但是，当我为该代码添加循环时，我想一个一个地处理一个文件夹：打开A_1然后运行Java，完成。打开A_2，然后运行Java，完成...打开A_3，........

for (my $j=1; $j<=2; $j++) {
    my $file_list = '/home/v/Documents/A_' . $j;
    opendir (DIR, $file_list) or die "Could not open $file_list\n";

    my @vcf_files = grep (/\.txt$/, readdir DIR);
    for my $line (@vcf_files) {
        my @vcf_index = split ('_' , $line);
        my @dups = grep ++$seen{$_} ==2, $vcf_index[1];
        push @unqie, @dups;

        for (my $i=1; $i <=38; $i++) {
            my @external_command = (
                "java",
                "-jar",
                "/home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar",
                "gt=/home/V/Documents/A_.$j/V_" . $unqie[0] . "_C_".$i."\.txt",  
                "out = .............."
            );
            my @external_command_1 = (
                "java",
                "-jar",
                "/home/victor/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar",
                "gt=/home/V/Documents/A_.$j/V_".$unqie[1]."_C_".$i."\.txt",  
                "out = .............."
            );

            my $out = system(@external_command);
            my $out_1 = system(@external_command_1);
        }
    }
}

我无法获得想要的结果。我正在使用打印检查。我想我在文件名部分知道一些错误，但是我无法解决。

有人可以帮我弄清楚吗？谢谢

Answer 1

一种调试此类内容的好方法是不运行程序，而是打印命令行以查看将要运行的内容。

也就是说，替换这些行：

my $out = system(@external_command);
my $out_1 = system(@external_command_1);

带有这些：

print "@external_command\n";
print "@external_command_1\n";

（顺便说一句，您的原始代码似乎有误解-system()返回流程退出代码，而不是输出。）

运行该代码，您的第一个代码给我这样的输出：

java -jar /home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar gt=/home/V/Documents/A_1/V__C_1.txt out = ..............
java -jar /home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar gt=/home/V/Documents/A_1/V__C_1.txt out = ..............
java -jar /home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar gt=/home/V/Documents/A_1/V__C_2.txt out = ..............
java -jar /home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar gt=/home/V/Documents/A_1/V__C_2.txt out = ..............

这对我来说似乎不对。看到您有类似V__C_1.txt的信息。看起来好像缺少两个下划线之间的值。它来自以下代码：

"gt=/home/V/Documents/A_.$j/V_".$unqie[0]."_C_".$i."\.txt"

这段代码：

"gt=/home/V/Documents/A_.$j/V_".$unqie[1]."_C_".$i."\.txt"

因此，看来@unqie从未获得任何数据。这意味着@dup也从不获取任何数据。

运行第二个程序将得到如下输出：

java -jar /home/V/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar gt=/home/V/Documents/A_.1/V__C_1.txt out = ..............
java -jar /home/victor/Documents/beagle.03Jul19.b33.jar gt=/home/V/Documents/A_.1/V__C_1.txt out = ..............

与第一个版本存在相同的问题（大概是由同一件事引起的），但是它也有-A_.1。来自以下代码：

"gt=/home/V/Documents/A_.$j/V_" . $unqie[0] . "_C_".$i."\.txt",

具体地说，来自A_.$j。我认为您是将点表示为串联运算符，但是由于它位于带引号的字符串中，因此只能将其解释为点。只需删除点即可轻松解决。

很难获得更多帮助，因为我不太清楚您要做什么，并且%seen和@unqie之类的变量不加解释地存在。但是这里还有其他一些提示。

添加use strict和use warnings。并解决他们将发现的问题。
for (my $j=1; $j<=2; $j++)可能更清楚地写为for my $i (1 .. 2)
对目录句柄（opendir my $dir_h, $file_list和readdir $dir_h）使用词法变量
split的第一个参数是正则表达式（split /_/, $line）
变量被用双引号引起来的字符串

如果您尝试做的事情有所扩展，那么我们可能会获得更多帮助。

如何通过Perl处理多个目录中的文件名？

1 个答案: