我正在尝试使用BiocManager :: install('WGCNA')安装软件包WGCNA。在必须更新软件包“ robust”之前,它似乎一直有效,这时我收到了一系列错误消息。
安装Homebrew帮助我在WGNCA的安装上走了一些远。我也尝试过单独安装功能强大的软件,但收到相同的错误消息。
当我执行以下操作时,总是会出现错误: 更新旧软件包:“ robust” 更新全部/部分/无? [a / s / n]: 一个
我得到以下结果: 有可用的二进制版本,但更高版本是源版本: 二进制源needs_compilation 健壮的0.4-18 0.4-18.1是
当我尝试时: 是否要从源安装需要编译的软件包? (是/否/取消)是 安装“ robust”源程序包
这似乎有效: 尝试使用URL'http://cran.us.r-project.org/src/contrib /robust_0.4-18.1.tar.gz'
下载了227 KB
* installing *source* package ‘robust’ ...
** package ‘robust’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include -fPIC -Wall -g -O2 -c compatibility.c -o compatibility.o
gfortran -fPIC -Wall -g -O2 -c gamrob.f -o gamrob.o gamrob.f:1752:0:
但是我得到了:
1752 | rlpsis = ps1 * s1 * ans | 警告:“ ps1”可能未在此函数中使用[-Wmaybe-uninitialized] gamrob.f:1743:0:
[一堆其他警告]
wblrob.f:1237:0: Warning: 'alf1' may be used uninitialized in this function [-Wmaybe-uninitialized]
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names-未定义dynamic_lookup-单模块-multiply_defined抑制-L / Library / Frameworks / R.framework / Resources / lib -L / usr / local / lib -orobust.so兼容性.o gamrob .o glmrob.o lmrobbi.o lmrobfs.o lmrobml.o lmrobmm.o mmprnt.o rb.o tdmean.o tmlfor.o wblrob.o -L / Library / Frameworks / R.framework / Resources / lib -lRlapack -L /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0 -L / usr / local / gfortran / lib -lgfortran -lquadmath -lm -L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0 -L / usr / local / gfortran / lib -lgfortran -lquadmath -lm -F / Library / Frameworks / R.framework / .. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation ld:警告:找不到选项'-L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0'的目录 ld:警告:找不到选项“ -L / usr / local / gfortran / lib”的目录 ld:警告:找不到选项'-L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0'的目录 ld:警告:找不到选项“ -L / usr / local / gfortran / lib”的目录 ld:找不到用于-lgfortran的库 clang:错误:链接器命令失败,退出代码为1(使用-v查看调用) make:*** [robust.so]错误1
最终:
ERROR: compilation failed for package ‘robust’
*删除“ /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/robust” *恢复以前的“ /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/robust”
已下载的源包位于 ‘/ private / var / folders / 92 / 8zt66ybn5013yz2kvlcm67y40000gp / T / RtmpJEboUj / downloaded_packages’ 警告信息: 在install.packages(update [instlib == l,“ Package”],l,repos = repos,中: 安装“ robust”软件包的退出状态为非零
非常感谢您提供有关此问题的帮助!我一般对R和编程语言还是很陌生的,因此对任何愚蠢的问题(如果能使它们减少愚蠢的问题,请多多指教),请提前道歉。非常感谢!