Question

我正在使用R中的forestplot包制作森林图

在这个博客（https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/）的帮助下，我几乎没有制作森林图。但是，在forestplot程序包中，hzrl_lines语句没有按我的要求工作。

我想在森林图上制作透明的灰色条纹，使文本重叠。但是在hzrl_lines语句中，它仅覆盖两行，而不覆盖一行。例如，在下图中，我要覆盖类别标题的“年龄”。

hrzl_lines=list("4" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(1:5), col="#99999922"))

如您所见，水平线涵盖“主要分析”和“年龄”类别标题。该行的中心在主要分析和年龄标题之间。

如何覆盖唯一的“年龄”标题？我用下面的代码。非常感谢您的帮助。

library("forestplot")

datafile <- file.path("example.csv")
data <- read.csv(datafile, stringsAsFactors=FALSE)
np <- ifelse(!is.na(data$total), data$total, NA)
nc <- ifelse(!is.na(data$intervention), data$intervention, NA)
nu <- ifelse(!is.na(data$control), data$control, NA)


tabletext <- cbind(c("Subgroup","\n",data$category), 
                    c("No. of\nPatients","\n",np), 
                    c("intervention","\n",np), 
                    c("control","\n",nu),
                    c("Interaction\n P Value","\n",data$prob))
tabletext

names(data)
png(file.path("example.png"),width=750, height=750)
forestplot(labeltext=tabletext, 
           mean=c(NA,NA,data$estimate), 
           lower=c(NA,NA,data$lcl), upper=c(NA,NA,data$ucl),
           hrzl_lines=list("3" = gpar(lwd=1, col="#000000"),
                           "4" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(1:5), col="#99999922")),
           xticks=c(-40,-30,-20,-10,0,10),
           clip=c(-40,10),
           col=fpColors(box="black", lines="black", zero = "gray50"))

dev.off()

此外，rawdata如下所示。很难在stackoverflow中上传csv文件。

> dput(data)
structure(list(category = c("Primary analysis", "Age", "   60-", 
"   20-40", "   -20", "Sex", "   Female", "   Male", "", "", 
"", "", "", "", "", "", ""), total = c(100L, NA, NA, 40L, 60L, 
NA, 40L, 60L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), intervention = c(50L, 
NA, NA, 20L, 30L, NA, 20L, 30L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA), control = c(50L, NA, NA, 20L, 30L, NA, 20L, 30L, NA, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), estimate = c(-17.5, NA, NA, -12, 
-20, NA, -15, -20, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), lcl = c(-25L, 
NA, NA, -25L, -30L, NA, -22L, -35L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA), ucl = c(-10L, NA, NA, 1L, -10L, NA, -8L, -5L, NA, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), prob = c(NA, 0.5, NA, NA, NA, 0.5, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-17L))

Answer 1

在您提供的示例URL中，作者始终水平线覆盖3行。他通过使用中间的一行，并给它覆盖了所有3行的宽行，实现了这一目标。 hrzl_lines可以在当前行的下创建一条线，因此您始终可以在两行之间看到其中心。我唯一能找到的解决方法是在Age行下方添加一个空行，然后在该行上添加灰色透明带：

library("forestplot")

#Create empty df row
emptyRow <- data.frame(X1 = NA, X2 = NA, X3 = NA, X4 = NA, X5 = NA, X6 = NA, X7 = NA, X8 = NA)
names(emptyRow) <- names(data)

#Insert empty row below the 'Age' line
data <- rbind(data[c(1:2),], emptyRow, data[c(3:17),])

np <- ifelse(!is.na(data$total), data$total, NA)
nc <- ifelse(!is.na(data$intervention), data$intervention, NA)
nu <- ifelse(!is.na(data$control), data$control, NA)

tabletext <- cbind(c("Subgroup","\n",data$category), 
                   c("No. of\nPatients","\n",np), 
                   c("intervention","\n",np), 
                   c("control","\n",nu),
                   c("Interaction\n P Value","\n",data$prob))

png(file.path("example.png"),width=750, height=750)
forestplot(labeltext=tabletext, 
           mean=c(NA,NA,data$estimate), 
           lower=c(NA,NA,data$lcl), upper=c(NA,NA,data$ucl),
           hrzl_lines=list("3" = gpar(lwd=1, col="#000000"),
                           "5" = gpar(lwd=50, lineend="butt", columns=c(1:5), col="#99999922")),
           xticks=c(-40,-30,-20,-10,0,10),
           clip=c(-40,10),
           col=fpColors(box="black", lines="black", zero = "gray50"))
dev.off()

Answer 2

我发现用forestplot在一行上出现灰色条纹的唯一解决方案是用grid.rect()绘制条纹。一个相当耗时的选项，但是当您正确设置坐标时可以使用。

如何在森林图上添加透明的灰色条纹？

2 个答案: