将链接矩阵转换为邻接矩阵

Question

给出的：来自分层聚类的链接矩阵（例如，单个链接） 想要：该关联矩阵的邻接矩阵

在python中（例如networkx或任何其他库或方法）如何实现了这一目标？由于我不认为我是第一个绊倒这个问题的人，所以我希望它有一些配方/库功能

Answer 1

Networkx具有nx.to_pandas_adjacency函数，该函数为给定图形返回具有邻接矩阵的熊猫数据帧。您应该从链接列表中创建一个networkx图，然后将其转换为邻接矩阵：

import networkx as nx

links = [
    (1, 2),
    (2, 3),
    (1, 4),
    (1, 3),
    (4, 5),
    (1, 5)
]

G = nx.Graph()
G.add_edges_from(links)
nx.to_pandas_adjacency(G)

    1       2       3       4       5
1   0.0     1.0     1.0     1.0     1.0
2   1.0     0.0     1.0     0.0     0.0
3   1.0     1.0     0.0     0.0     0.0
4   1.0     0.0     0.0     0.0     1.0
5   1.0     0.0     0.0     1.0     0.0