如何为多个geom_line对象计算曲线下的面积

时间:2019-06-15 07:31:19

标签: r ggplot2 auc

我拥有一系列经过不同处理的时程数据,希望为每个绘制的变量计算曲线下的面积。

在汇总数据以获得每个时间点每种特定条件的均值/ stdev / sem之后,我设法将数据绘制在ggplot中。我曾尝试使用plotROC计算auc,但由于不断收到错误消息,我的代码或数据结构方式使我无法进行计算。

ggplot(data=df, aes(x=Time, y=Mean, colour=IR, group=as.numeric(IR))) +
  geom_line(size=1) + geom_point(size=2) +
  geom_errorbar(aes(ymin= Mean-SEM, ymax= Mean+SEM)) +
  theme_classic() +
  xlab("Time post IR (hours)") +
  scale_x_discrete(expand=c(0,0), breaks = c(0, 24, 48, 72)) +
  scale_colour_manual(name="Dose",
                      values=c("blue", "red"))

enter image description here

当我在代码中添加geom_roc()时,会显示以下消息:

Error in if (slev[2] == 0 & slev[2] == 1) return(D) : missing value
where TRUE/FALSE needed

我对这种类型的分析还很陌生,因此,感谢使用ggplot进行此操作的任何帮助/建议。理想情况下,我希望能够计算两条线的AUC,并将计算出的aucs插入绘图中。预先感谢!

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