如何使用parSapply修复“找不到功能”

Question

我正在尝试在脚本中用parSapply替换sapply，以减少运行时间。

这是我在数据框示例中使用的脚本：

library(relaimpo) 

gene1 <- c(1, 2, 3, 4) 
gene2 <- c(3,1,2, 4) 
age <- c(20, 40, 60, 10) 
gender <- c("F", "M", "F", "F") 
datatest<- data.frame(gene1, gene2, age, gender) 

TEST<-sapply(datatest[,(1:2)], function(i) calc.relimp(lm(i ~ age+gender, data=datatest))$lmg) 


##until now it works; Here is when I replace sapply by parSapply: 

cl <- makeCluster(4) 
TEST2 <- parSapply(cl, datatest[,(1:2)], function(i) calc.relimp(lm(i ~ age+gender, data=datatest))$lmg) 

我收到此错误消息：

  

checkForRemoteErrors（val）中的错误：2个节点产生了错误；第一   错误：找不到函数“ calc.relimp”

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有人知道如何解决此问题吗？ 提前非常感谢！！！

最佳，

Bérengère

Answer 1

您需要在集群中导出所需的对象。像

clusterExport(cl, varlist = c('calc.relimp'))  # add other objects needed

应该可以解决问题。