如何强制Altair在特定轴上订购热图(矩形)?

时间:2019-04-29 16:09:47

标签: python vega vega-lite altair

我正在尝试在Altair中创建聚类的热图。创建热图效果很好,但是我无法根据另一列的值对行进行重新排序。

以下是我使用seaborn创建热图的代码段:

import pandas as pd
import numpy as np
import seaborn as sns
import altair as alt
import random

iris = sns.load_dataset("iris")
species = iris.pop("species")

# Clustermap for rows only
g = sns.clustermap(iris, col_cluster=False, cmap="magma")

# Get the reodered indices
reordered_indices = g.dendrogram_row.reordered_ind

# Create a dictionary to add this information to the longform dataframe later
reordering_dict = pd.Series(reordered_indices, index=iris.index.values).to_dict()

# Converting iris to tidyform
iris.reset_index(level=0, inplace=True)
iris_tidy = pd.melt(iris, id_vars=["index"], var_name="Paramaeter", value_name="value")

# Adding the ordering information
iris_tidy['order'] = iris_tidy['index'].map(reordering_dict)

,结果是: Clustermap using seaborn

现在使用Altair尝试相同的操作:

# Plotting using Altair
alt.Chart(iris_tidy, width=500, height=500).mark_rect().encode(
    alt.X("Paramaeter:N", bin=False, sort=None),
    alt.Y("order:O", bin=False),
    alt.Color("value:Q", scale=alt.Scale(scheme="magma")),
    order=alt.Order("order:Q", sort="ascending"),
).configure_scale(bandPaddingInner=0).configure_view(strokeOpacity=0, stroke="transparent").configure_axisY(
    labels=False, ticks=False
).configure_axisX(
    labelAngle=0, ticks=False
)

给我这个: Heatmap using altair

我认为我使用的是alt.order(),使用方法不正确。我假设要这样做的一种方法是使用序号列order本身来定义Y轴-但我将松开与index关联的标签。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

如果要控制Y轴类别的排序顺序,可以使用y编码的sort属性。例如:

# Plotting using Altair
alt.Chart(iris_tidy, width=500, height=500).mark_rect().encode(
    alt.X("Paramaeter:N", bin=False, sort=None),
    alt.Y("index:O", sort=alt.EncodingSortField(field='order', order='ascending')),
    alt.Color("value:Q", scale=alt.Scale(scheme="magma")),
).configure_scale(bandPaddingInner=0).configure_view(strokeOpacity=0, stroke="transparent")

enter image description here

这与seaborn输出不匹配,但是我相信这是因为计算出的order列不能反映seaborn图表中数据的顺序。