Question

我想用snakemake编写我的RNA-seq管道，但是它总是报告相同的错误。这使我很烦！

以下显示了当前文件夹中的整个文件。

|-- 01_raw
|   |-- epcr1_1.fastq
|   |-- epcr1_2.fastq
|   |-- epcr2_1.fastq
|   |-- epcr2_2.fastq
|   |-- wt1_1.fastq
|   |-- wt1_2.fastq
|   |-- wt2_1.fastq
|   `-- wt2_2.fastq
|-- 02_clean
|   `-- id.txt
|-- Snakefile
`-- Snakemake2.py

我的全部内容都在Snakefile中

SBT=["wt1","wt2","epcr1","epcr2"]


rule all:
    input:
        expand("02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz","02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz",nico=SBT)

rule trim_galore:
    input:
        "01_raw/{nico}_1.fastq",
        "01_raw/{nico}_2.fastq"
    output:
        "02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz",
        "02_clean/{nico}_1.unpaired.fq.gz",
        "02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz",
        "02_clean/{nico}_2.unpaired.fq.gz",
    log:
        "02_clean/{nico}_qc.log"
    shell:
        "Trimmomatic PE -threads 16 {input[0]} {input[1]} {output[0]} {output[1]} {output[2]} {output[3]} ILLUMINACLIP:/software/Trimmomatic-0.36/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 &"

当我使用命令“ snakemake -np”来dry_run时，希望它可以平稳运行，但是它总是报告相同的错误：

TypeError in line 6 of /root/s/r/snakemake/my_rnaseq_data/Snakefile:
'str' object is not callable
  File "/root/s/r/snakemake/my_rnaseq_data/Snakefile", line 6, in <module>

第6行是

expand("02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz","02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz",nico=SBT)

我不知道这是怎么回事。我整天烦死了！希望有人能帮助我。谢谢前进！

Answer 1

问题在于您如何使用expand中的rule all函数。 expand作用于一个字符串，但您提供了两个。这将起作用：

rule all:
    input:
        expand("02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz", nico=SBT),
        expand("02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz", nico=SBT)

或者，您可以进一步简化：

rule all:
    input:
        expand("02_clean/{nico}_{n}.paired.fq.gz", nico=SBT, n=[1,2])

总是报告错误：在我的snakemake中无法调用“ str”对象进行RNA-seq工作流程

1 个答案: