Mygene显示AttributeError即使代码与手册相同

Question

我试图获取我的RNA seq EdgeR输出的Entrezgene名称。我找到了mygene并认为我可以尝试一下，但是无论我做什么（在家用系统和服务器上都尝试过），都会收到此错误：

import mygene as mg
import pandas as pd
data = pd.read_csv("EdgeR-results.csv", header=0)
col_a = list(data.GeneID)
out = mg.querymany(col_a, scopes='ensembl.gene', fields='entrezgene', species='human')

回溯（最近一次通话最近）：文件“”，第1行，在 AttributeError：“模块”对象没有属性“ querymany”

尝试只键入一个列表：

mg.getgenes(['ENSG00000176658.17','ENSG00000085224.22','ENSG00000112562.18','ENSG00000184347.14','ENSG00000183117.19','ENSG00000149218.5','ENSG00000123572.17','ENSG00000146938.16','ENSG00000206195.10'], fields="entrezgene")

回溯（最近通话最近）：   文件“”，第1行，位于 AttributeError：“模块”对象没有属性“ getgenes”

我很茫然。该代码直接来自几本手册和教程。谁能帮我？我需要转换成千上万个集合基因ID，并以某种方式合并回我的数据框中。

谢谢！

Answer 1

在查询之前添加以下内容：

mg = mygene.MyGeneInfo()

我刚遇到相同的错误，并在其他人的示例代码中找到了该代码段。它为我解决了错误。