Question

我的桌子有三列。第一列包含样本名称，第二个数字和第三个ID。这是一个示例：

Samples Count   ID
S1      99057   Lactobacillales
S1      608     Enterobacterales
S1      507     Choanoflagellida
S1      495     Burkholderiales
S1      456     Pseudomonadales
S1      398     Nostocales
S1      286     Suessiales
S2      3742    Lactobacillales
S2      631     Pseudomonadales
S2      276     Micrococcales
S2      261     Burkholderiales
S2      244     Choanoflagellida
S2      239     Rhizobiales
S2      239     Enterobacterales

我需要转置并合并表，以便第一列包含ID，第二列包含样本S1中每个ID的编号，第三列包含样本S2中每个ID的编号。示例：

ID                  S1      S2
Lactobacillales     3742    99057
Enterobacterales    239     608
Choanoflagellida    244     507
Burkholderiales     261     495
Pseudomonadales     631     456
Nostocales          0       398
Suessiales          0       286
Micrococcales       276     0
Rhizobiales         239     0

到目前为止，我是在Excel中完成此操作的，但对于较大的表则不可行。如何在R中完成此操作？任何帮助表示赞赏。

Answer 1

您可以使用dcast软件包中的reshape2功能-

> reshape2::dcast(dt,ID~Samples,value.var = "Count",fill=0)

                ID    S1   S2
1  Burkholderiales   495  261
2 Choanoflagellida   507  244
3 Enterobacterales   608  239
4  Lactobacillales 99057 3742
5    Micrococcales     0  276
6       Nostocales   398    0
7  Pseudomonadales   456  631
8      Rhizobiales     0  239
9       Suessiales   286    0

注意-如果您的数据大于使用dcast.data.table包中的data.table。

R：如何转置和合并表格

1 个答案: