原子映射反应RDKit

时间:2019-04-10 13:00:41

标签: python-3.x rdkit

做出简单反应后,我收到以下警告消息:

product 1 has no mapped atoms.

我猜想这与反应后的原子映射有关,但是我包括并索引了smarts公式,以避免使RDKit知道与提供的反应物有什么关系,但是我无法弄清楚这是什么。警告手段。

到目前为止我的方法:

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('[Ch:1]-[C+1:2]>>[C:1]=[C+0:2].[H+]')
ps = rxn.RunReactants((Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C)=C/CC1'),))

这将导致我以下警告:

product 1 has no mapped atoms.

检查产品及其微笑时,我看不到任何与警告有关的奇怪信息。

Chem.MolToSmiles(ps[0][0])
Out[16]: 'CC(C)=[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'
Chem.MolToSmiles(ps[1][0])
Out[17]: 'C=C(C)[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'

有任何提示吗?

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