我有一个覆盖PCA分数的NMDS图。我有45种PCA载体,每种都是动物。
问题是我的箭头(动物名)的标签相互重叠。我想知道是否有一种方法可以使图形互动,以便将鼠标悬停在PCA矢量(红色箭头)之一上以使动物的名字出现?
这是我用来生成图形的代码:
显示NMDS解决方案上的站点
new.solved.NMDS<-metaMDS(new.solved, distance = "jaccard", k = 4, trymax = 2000, autotransform=FALSE)
plot.new.solved<-data.frame(new.solved.NMDS$points)
par(mar=c(3,3,2,5) ,mgp=c(1.8,0.75,0))
网站:
plot(plot.new.solved$MDS1, plot.new.solved$MDS2, pch=16, cex=1, col="black",xlab="NMDS1", ylab="NMDS2", cex.lab=1, cex.axis=1, main="", bty="L", mai=c(0,0,2,10),xlim=c(-1.5,1.3),ylim=c(-0.9,1))
覆盖到NMDS上的PCA向量(而非NMDS)计算物种向量
fit <- envfit(new.solved.NMDS, new.solved, choices=c(1,2,3))
在NMDS图上添加物种矢量
fit.plot=plot(fit,cex=1.3,col="red",xlim=c(-1.5,1.3),ylim=c(-1.2,1.2), xlab="NMDS1",ylab="NMDS2")