Question

我正在创建一个bash脚本，该脚本调用一个python脚本，该脚本随后使用subprocess.run()在bash中运行其他进程。但是，当bash脚本在其中运行python脚本时，在调用subprocess.run的行中，我收到一条错误消息：

    run_metric = subprocess.run(command, shell=True, stdout = subprocess.PIPE, universal_newlines = True)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'run'

1）我通过使用python = 3.6激活conda环境，确保使用python 3运行脚本，这不会给我调用subprocess.run带来任何问题。有趣的是，如果我将subprocess.run（）更改为subprocess.Popen（），脚本可以工作，但是我无法弄清楚如何正确地获得run_metric.stdout。

2）我正在使用的任何目录中都没有subprocess.py文件

3）print(subprocess.__file__)的结果告诉我python不是3.6：/usr/lib/python2.7/subprocess.pyc

此外，我尝试使用类似 from subprocess import run 并确保在python脚本和我拥有的import subprocess

函数中

bash脚本如下：

SWC_FOLDER_PATH=$(pwd)

sudo chmod +x /media/leandroscholz/KINGSTON/Results_article/Tracing_data/run_metrics.py 

echo "run /media/leandroscholz/Tracing_data/run_metrics.py ${SWC_FOLDER_PATH} /media/leandroscholz/KINGSTON/Results_article/TREEStoolbox_tree_fixed.swc"
python /media/leandroscholz/Tracing_data/run_metrics.py ${SWC_FOLDER_PATH} /media/leandroscholz/TREEStoolbox_tree_fixed.swc

然后，我运行的python脚本调用了一个使用subprocess.run()的特定函数（只是出现问题的部分代码）：

import subprocess 
import glob

import numpy as np

def compute_metrics(swc_folder_path, gt_file_path):

    # first get list of files in swc_folder_path 
    swc_files = (glob.glob(swc_folder_path+"/*_fixed.swc"))
    n_swc_files = len(swc_files)

    workflow_dict = gets_workflow_dict(swc_files)
    n_images = get_n_images(swc_files)
    n_workflows = len(workflow_dict)

    for swc in range(0,n_swc_files):

        command = "java -jar /home/leandroscholz/DiademMetric.jar -G " + swc_files[swc] +" -T " + gt_file_path
        run_metric = subprocess.run(command, shell=True, stdout = subprocess.PIPE, universal_newlines = True)

我正在python中使用subprocess.run，因为最后，我想在bash中运行该进程后获取run_metric.stdout的字符串，以便稍后将其存储在数组中并保存到txt文件中。

我希望我足够清楚并提供足够的信息。谢谢！

Answer 1

收到评论后，我测试了print(subprocess.__file__)的输出，它显示所使用的python是python2.7，

因此，我将python脚本的调用从python script.py更改为python3 script.py。我发现了这个问题，它也显示了从终端调用python程序的另一种方法。

Running Python File in Terminal

如何解决'AttributeError：'module'对象没有来自subprocess.run（）的属性'run'

1 个答案: