Question

我正在尝试在一个文件fileB中输出与另一文件fileA中的参数匹配的行，但是我的尝试没有输出任何内容。

fileA：

chr1    7237    7238
chr1    7637    7637
chr1    7908    7908
chr1    8045    8045
chr1    8329    8329
chr1    8358    8358
chr1    8375    8375
chr1    8381    8381

fileB ：（请注意，第五行有一个额外的列）

130 chr1    7237    7238    0k9imgkt
135 chr1    7637    7637    b9gko
138 chr1    7908    7908    kob9g
139 chr1    8045    8045    34e5rg  4r
151 chr1    8329    8329    b
151 chr1    8346    8346    345y46htyh
151 chr1    8346    8346    76jtuj
152 chr1    8358    8358    asfge

我的代码：

awk 'NR==FNR{a[$1,$2,$3];next}($2,$3,$4) in a{print $0}' fileA fileB

预期输出：

130 chr1    7237    7238    0k9imgkt
135 chr1    7637    7637    b9gko
138 chr1    7908    7908    kob9g
139 chr1    8045    8045    34e5rg  4r
151 chr1    8329    8329    b
152 chr1    8358    8358    asfge

实际输出：

Answer 1

当输入文件具有Windows行尾（即\r\n）时，会发生这种情况。使用dos2unix工具修复输入文件，命令将起作用。

dos2unix fileA fileB

或者，如果您使用的是gawk或mawk，请将记录分隔符设置为\r\n：

awk -v RS='\r\n' ...

Answer 2

您可以尝试使用tr和grep：

< fileA tr -d '\r' | grep -f - fileB

awk代码输出具有匹配字段但没有输出的行

2 个答案: