Question

我有一个GRanges对象，它具有成千上万的得分列（ tomap ），另一个具有感兴趣的区域并且没有元数据（ roi ）。我正在尝试将 tomap 中每列的最高得分映射到 roi 中的相应区间。

我还想保留分数列的名称（在我的真实数据中，这些名称是有意义的名称，不能像score1，score2等一样通用化）。我可以针对特定的列执行此操作，但是正在努力将其推广到每一列。

这是到目前为止我得到的：

library(GenomicRanges)
tomap <- GRanges(
    seqnames = Rle(c("chr1"), c(10)),
    ranges = IRanges(1:10*10, end = 1:10*10+5),
    score1 = runif(10),score2=runif(10),score3=runif(10),score4=runif(10),score5=runif(10))

roi <- GRanges(
    seqnames = Rle(c("chr1"), c(5)),
    ranges = IRanges(1:5*20 + floor(runif(5)*4), width = 10))

hits <- findOverlaps(roi, tomap, ignore.strand = TRUE)

ans<-roi
mcols(ans) <- aggregate(tomap, hits, score1=max(score1), score2= max(score2))

ans
#GRanges object with 5 ranges and 3 metadata columns:
#      seqnames    ranges strand |             grouping            score1            score2
#         <Rle> <IRanges>  <Rle> | <ManyToManyGrouping>         <numeric>         <numeric>
#  [1]     chr1     22-31      * |                  2,3 0.326366489753127 0.925836584065109
#  [2]     chr1     42-51      * |                  4,5  0.92806151532568 0.897841389290988
#  [3]     chr1     62-71      * |                  6,7 0.980487102875486 0.940743445185944
#  [4]     chr1     83-92      * |                  8,9 0.798293181695044 0.381754550151527
#  [5]     chr1   101-110      * |                   10 0.872806148370728 0.953412540955469

如您所见，当我分别指定每个分数列时，此方法有效，但是如何对数千个列执行此操作？

聚集来自一个GRanges对象上的多个元数据列的分数

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