Question

我正试图从NCBI或PubMed中获取与R语言相关或附加到数百个唯一DOI或PMID的数据文件名。例如。我的PMID：19122651，我想获取与其连接的三个GSE的名称，分别是：GSE12781，GSE12782和GSE12783。我搜索了各种资源和程序包，但无济于事。
感谢您的协助。

Answer 1

您可以使用rentrez软件包来完成此操作。

必需的功能是entrez_link。

示例：

library(rentrez)

results <- entrez_link(dbfrom = 'pubmed', id = 19122651, db = 'gds')

results$links$pubmed_gds
[1] "200012783" "200012782" "200012781"

3个结果是关联的GEO数据集记录的ID。您可以使用entrez_summary将它们转换为GSE加入。

这里有些丑陋的sapply可以作为功能的基础：

sapply(results$links$pubmed_gds, function (id) entrez_summary("gds", id)$accession, 
       USE.NAMES = FALSE)

[1] "GSE12783" "GSE12782" "GSE12781"

Answer 2

您可以按照here所述通过rentrez软件包查询NCBI。函数entrez_link()应该能够找到交叉引用

是否设置了R代码以使用PubMed ID或DOI获取该文章的数据文件？

2 个答案: