在R中绘制有向多图

Question

我从未在R中使用任何图形绘图包，我熟悉基本绘图命令和ggplot2包。我发现（但尚未尝试）的是Rgraphviz，network和igraph个包。所以我想问你，哪个软件包具有最简单的学习曲线，并满足以下要求：

• 具有简单的布局引擎（弹簧布局，随机，...）
• 尝试在两个顶点之间绘制多条边，以便它们不会重叠。作为奖励，能够调整它是很好的。
• 可以绘制循环。
• 顶点和边缘标签，顶点和边缘尺寸和颜色可调。
• （不需要任何图形算法，如链接分析，最短路径，最大流量等，但很好，如果有的话）

Answer 1

igraph软件包似乎满足您的要求，tkplot()函数可帮助您根据需要调整最终布局。

以下是使用示例：

s <- cbind(A=sample(letters[1:4], 100, replace=TRUE),
           B=sample(letters[1:2], 100, replace=TRUE))
s.tab <- table(s[,1], s[,2])
library(igraph)
s.g <- graph.incidence(s.tab, weighted=T)
plot(s.g, layout=layout.circle, 
     vertex.label=c(letters[1:4],letters[2:1]),     
     vertex.color=c(rep("red",4),rep("blue",2)), 
     edge.width=c(s.tab)/3, vertex.size=20, 
     vertex.label.cex=3, vertex.label.color="white")

使用交互式显示器（有可能使用rgl进行3D显示），它看起来像（之后我略微移动了一个顶点）：

tkplot(s.g, layout=layout.circle, vertex.color=c(rep("red",4),rep("blue",2)))

最后，您甚至可以将图表导出为最常见的格式，例如dot for graphviz。

Answer 2

multigraph R包也很有用。对于上面的示例，bmgraph绘制了这样的图表：

library("multigraph")
bmgraph(s.tab, layout = "circ", pch = 16:16, pos = 0, vcol = 6:7, lwd = 3, cex = 9)

对于定向版本：

bmgraph(s.tab, "circ", pch = 16:16, pos = 0, vcol = 6:7, lwd = 3, cex = 9, directed = TRUE)