我用Python编写了用于标记矩阵(3D数组)的代码。 代码的概念是
如果矩阵具有1、2和3作为元素,则矩阵中的所有元素都将变为“最大唯一数+ 1”。
import numpy as np
def label_A(input_field):
labeling_A = np.copy(input_field)
labeling_test = np.zeros((input_field.shape))
for i in range(0,input_field.shape[0]-1):
for j in range(0,input_field.shape[1]-1):
for k in range(0,input_field.shape[2]-1):
test_unit = input_field[i:i+2,j:j+2,k:k+2]
if set(np.unique(test_unit).astype(int)) >= set((1,2,3)):
labeling_test[i:i+2,j:j+2,k:k+2] = np.max(input_field)+1
labeling_A[labeling_test == np.max(input_field)+1] = np.max(input_field)+1
return labeling_A
这是3D矩阵中的简单示例代码。
example = np.random.randint(0, 10, size=(10, 10, 10))
label_example = label_A(example)
label_example
在我看来,代码本身没有问题,并且实际上可以正常工作。但是,我很好奇,有没有更快的方法可以做到这一点呢?
答案 0 :(得分:1)
此实现返回建议的结果并在1.8秒内处理大小为(140,140,140)的张量。
import numpy as np
from scipy.signal import convolve
def strange_convolve(mat, f_shape, _value_set, replace_value):
_filter =np.ones(tuple(s*2-1 for s in f_shape))
replace_mat = np.ones(mat.shape)
for value in _value_set:
value_counts = convolve((mat==value),_filter,mode='same')
replace_mat*=(value_counts>0)
mat[replace_mat==1]=replace_value
return mat
example = np.random.randint(0, 8, size=(10, 10, 10))
print('same_output validation is '+str((strange_convolve(example,(2,2,2),(1,2,3),4) == label_A(example)).min()))
import time
example = np.random.randint(0, 10, size=(140, 140, 140))
timer = time.time()
strange_convolve(example,(2,2,2),(1,2,3),4)
print(time.time()-timer)
1.8871610164642334
答案 1 :(得分:0)
首先,您的代码有几个问题,可以轻松解决和加快。
对于每个循环,您将重新计算np.max(input_field)+1三次。
矩阵越大,影响就越明显。注意测试A和B的区别。
我尝试使用上面的卷积示例运行测试,虽然速度很快,但结果却从未与其他测试相同(在下面的设置中应该是相同的)。我相信它会在3x3x3的块中寻找1、2或3。
标签A的大小为10 --- 0:00.015628
标签B的尺寸为10 --- 0:00.015621
标签F的大小为10 --- 0:00.015628
标签A的大小为50 --- 0:15.984662
标签B的尺寸为50 --- 0:10.093478
标签F的大小为50 --- 0:02.265621
尺寸为80的标签A --- 4:02.564660
标签B尺寸为80-2:29.439298
标签F的大小为80 --- 0:09.437868
------编辑的----< em>-- 尽管我相信Peter给出的代码存在一些问题,但是convolve方法的速度肯定更快。
Label A with size of 10 : 00.013985
[[ 2 10 10 10 10 4 9 0 8 7]
[ 9 10 10 10 10 0 9 8 5 9]
[ 3 8 4 0 9 4 2 8 7 1]
[ 4 7 6 10 10 4 8 8 5 4]]
Label B with size of 10 : 00.014002
[[ 2 10 10 10 10 4 9 0 8 7]
[ 9 10 10 10 10 0 9 8 5 9]
[ 3 8 4 0 9 4 2 8 7 1]
[ 4 7 6 10 10 4 8 8 5 4]]
Label Flat with size of 10 : 00.020001
[[ 2 10 10 10 10 4 9 0 8 7]
[ 9 10 10 10 10 0 9 8 5 9]
[ 3 8 4 0 9 4 2 8 7 1]
[ 4 7 6 10 10 4 8 8 5 4]]
Label Convolve with size of 10 : 00.083996
[[ 2 2 10 8 4 10 9 0 8 7]
[ 9 10 0 4 7 10 9 10 10 9]
[ 3 8 4 0 9 4 2 10 7 10]
[ 4 7 10 5 0 4 8 10 5 4]]
OP希望将2x2x2矩阵的所有元素都设置为较高的值。
请注意,当前设置中的卷积设置了一些单个空格元素,而不是2x2x2矩阵模式。
下面是我的代码:
import numpy as np
from scipy.signal import convolve
from pandas import datetime as dt
def label_A(input_field):
labeling_A = np.copy(input_field)
labeling_test = np.zeros((input_field.shape))
for i in range(0,input_field.shape[0]-1):
for j in range(0,input_field.shape[1]-1):
for k in range(0,input_field.shape[2]-1):
test_unit = input_field[i:i+2,j:j+2,k:k+2]
if set(np.unique(test_unit).astype(int)) >= set((1,2,3)):
labeling_test[i:i+2,j:j+2,k:k+2] = np.max(input_field)+1
labeling_A[labeling_test == np.max(input_field)+1] = np.max(input_field)+1
return labeling_A
def label_B(input_field):
labeling_B = np.copy(input_field)
labeling_test = np.zeros((input_field.shape))
input_max = np.max(input_field)+1
for i in range(0,input_field.shape[0]-1):
for j in range(0,input_field.shape[1]-1):
for k in range(0,input_field.shape[2]-1):
test_unit = input_field[i:i+2,j:j+2,k:k+2]
if set(np.unique(test_unit).astype(int)) >= set((1,2,3)):
labeling_test[i:i+2,j:j+2,k:k+2] = input_max
labeling_B[labeling_test == input_max] = input_max
return labeling_B
def label_Convolve(input_field):
_filter =np.ones([2,2,2])
replace_mat = np.ones(input_field.shape)
input_max = np.max(input_field)+1
for value in (1,2,3):
value_counts = convolve((input_field==value),_filter,mode='same')
replace_mat*=(value_counts>0)
input_field[replace_mat==1] = input_max
return input_field
def flat_mat(matrix):
flat = matrix.flatten()
dest_mat = np.copy(flat)
mat_width = matrix.shape[0]
mat_length = matrix.shape[1]
mat_depth = matrix.shape[2]
input_max = np.max(matrix)+1
block = 0
for w in range(mat_width*(mat_length)*(mat_depth-1)):
if (w+1)%mat_width != 0:
if (block+1)%mat_length == 0:
pass
else:
set1 = flat[w:w+2]
set2 = flat[w+mat_width:w+2+mat_width]
set3 = flat[w+(mat_width*mat_length):w+(mat_width*mat_length)+2]
set4 = flat[w+(mat_width*mat_length)+mat_width:w+(mat_width*mat_length)+mat_width+2]
fullblock = np.array([set1, set2, set3, set4])
blockset = np.unique(fullblock)
if set(blockset) >= set((1,2,3)):
dest_mat[w:w+2] = input_max
dest_mat[w+mat_width:w+2+mat_width] = input_max
dest_mat[w+(mat_width*mat_length):w+(mat_width*mat_length)+2] = input_max
dest_mat[w+(mat_width*mat_length)+mat_width:w+(mat_width*mat_length)+mat_width+2] = input_max
else:
block += 1
return_mat = dest_mat.reshape(mat_width, mat_length, mat_depth)
return(return_mat)
def speedtest(matrix,matrixsize):
starttime = dt.now()
label_A_example = label_A(matrix)
print(f'Label A with size of {matrixsize} : {dt.now() - starttime}')
print(label_A_example[0][0:4], '\n')
starttime = dt.now()
label_B_example = label_B(matrix)
print(f'Label B with size of {matrixsize} : {dt.now() - starttime}')
print(label_B_example[0][0:4], '\n')
starttime = dt.now()
label_Inline_example = flat_mat(matrix)
print(f'Label Flat with size of {matrixsize} : {dt.now() - starttime}')
print(label_Inline_example[0][0:4], '\n')
starttime = dt.now()
label_Convolve_example = label_Convolve(matrix)
print(f'Label Convolve with size of {matrixsize} : {dt.now() - starttime}')
print(label_Convolve_example[0][0:4], '\n')
tests = 1 #each test will boost matrix size by 10
matrixsize = 10
for i in range(tests):
example = np.random.randint(0, 10, size=(matrixsize, matrixsize, matrixsize))
speedtest(example,matrixsize)
matrixsize += 10