Question

最近我已经开始使用.hdf5文件，但仍然不知道如何正确使用外部链接。

我有几个.hdf5文件。每个文件都具有相同的结构，例如相同的键和数据类型。我想将它们合并到一个文件中，但是请使用每个文件的不同密钥将它们分开。

这就是我要做的：

myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'w')
myfile['0.000'] = h5py.ExternalLink("img_000.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile['0.001'] = h5py.ExternalLink("img_001.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile.flush()

然后我尝试通过以下方式阅读它：

myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))

第print(keys)行给了我['0.000', '0.001']。因此，我相信文件的结构还可以。

接下来的几行给了我一个例外： KeyError: "Unable to open object (unable to open external file, external link file name = 'img_000.hdf5')"

我做错什么了吗？文档相当差，我还没有在那里找到了一个相关的用例。

Answer 1

问题是您混淆了路径。区分两种类型的路径很重要：

文件路径（硬盘驱动器上的位置）。
数据集路径：此路径在HDF5文件的内部，与存储文件的位置无关。

the documentation中提到的h5py.ExternalLink的语法是：

myfile['/path/of/link'] = h5py.ExternalLink('/path/to/file.hdf5', '/path/to/dataset')

因此，我想鼓励您为ExternalLink使用relative file path。如果这样做，那么即使将文件集合移动到硬盘驱动器上的新位置（或将文件交给其他人），一切也将继续起作用。

使用正确的路径，您的示例将起作用，如下所示。

请注意，为了说明我有关相对文件路径的说明，我已将数据集的所有路径设为绝对路径（这些路径仅在文件内部，而与文件在硬盘上的存储位置无关）），同时保持文件路径相对 。

import h5py
import numpy as np

myfile = h5py.File('test_a.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([0,1,2])
myfile.close()

myfile = h5py.File('test_b.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([3,4,5])
myfile.close()

myfile = h5py.File('test.hdf5', 'w')
myfile['/a'] = h5py.ExternalLink('test_a.hdf5', '/path/to/data')
myfile['/b'] = h5py.ExternalLink('test_b.hdf5', '/path/to/data')
myfile.close()

myfile = h5py.File('test.hdf5', 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))
print(list(myfile[keys[1]]))
myfile.close()

打印（按预期）：

['a', 'b']
[0, 1, 2]
[3, 4, 5]

无法使用python + h5py访问外部链接

1 个答案: