R删除表格中的重叠

Question

我有一个表（简化的hmmer输出），需要对其进行排序和过滤：

query   hit start   end score
A   hit1    56  102 0.00085
B   hit2    89  275 0.00034
B   hit3    240 349 0.00034
C   hit4    332 480 3.40E-15
D   hit5    291 512 3.80E-24
D   hit6    287 313 0.00098
D   hit7    381 426 0.00098
D   hit8    287 316 0.0029
D   hit9    373 422 0.0029

对于每个查询，该表均应按start排序，如果匹配项重叠，则将匹配项的score放在较低的位置。

到目前为止，这是我的代码，该代码首先按开始排序，然后按得分排序。

data <- read.table("table")
list = c()
list <- unique(as.vector(unlist(data$query)))
for (i in list) {
  extracted = c()
  extracted = subset(data, data$query == i)
  extracted = extracted[order(extracted$start, extracted$score), ]
}

但是我该如何检查重叠并删除得分较高的那个？

这是我的预期输出：

query   hit start   end score
A   hit1    56  102 0.00085
C   hit4    332 480 3.40E-15
D   hit5    291 512 3.80E-24

请注意，该查询B具有两个重叠的匹配且得分相等的匹配，因此应将两个匹配都排除在外。