R中制作乳胶台的工具

时间：2011-03-28 21:31:12

标签： r latex

根据一般要求，社区维基在R中生成乳胶表。在这篇文章中，我将概述最常用的包和博客，其中包含用于从不太直接的对象生成乳胶表的代码。请随意添加我错过的任何内容，和/或提供有关如何使用R生成格式良好的乳胶桌的提示，提示和小技巧。

包裹：

  • xtable：用于大多数简单对象的标准表。可以找到一个包含示例的精美图库here。
  • memisc：用于管理调查数据的工具，包含一些用于（基本）回归模型估计的乳胶表的工具。
  • Hmisc包含一个函数latex()，它创建一个包含所选对象的tex文件。它非常灵活，也可以输出longtable乳胶表。帮助文件?latex
    • 中有很多信息
  • miscFuncs有一个简洁的函数'latextable'，它将带有混合字母和数字条目的矩阵数据转换为LaTeX表并将它们打印到控制台，因此可以将它们复制并粘贴到LaTeX文档中。
  • texreg package（JSS paper）将统计模型输出转换为LaTeX表。合并多个模型。可以处理大约50种不同的模型类型，包括网络模型和多级模型（lme和lme4）。
  • reporttools package（JSS paper）是对连续，分类和日期变量进行描述性统计的另一种选择。
  • tables包可能是R中用于描述性统计的最常用的LaTeX表制作包
  • stargazer包制作了比较统计模型汇总表

博客和代码段

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8 个答案:

答案 0 :(得分：22)

我想补充一下“brew”包的提及。你可以编写一个brew模板文件，它是带有占位符的LaTeX，然后“酿造”它以创建一个.tex文件到\ include或\输入你的LaTeX。类似的东西：

\begin{tabular}{l l}
A & <%= fit$A %> \\
B & <%= fit$B %> \\
\end{tabular}

brew语法也可以处理循环，因此您可以为数据帧的每一行创建一个表行。

答案 1 :(得分：21)

感谢Joris创建此问题。希望它将成为一个社区维基。

乳胶中的booktabs包装产生漂亮的桌子。这是一篇关于如何将xtable用于create latex tables that use booktabs

的博客文章

我还会将apsrtable包添加到混合中，因为它会生成漂亮的回归表。

另一个想法：其中一些软件包（特别是memisc和apsrtable）允许轻松扩展代码以生成不同回归对象的表。一个这样的例子是问题中显示的lme4 memisc代码。启动github存储库来收集这样的代码片段可能是有意义的，并且随着时间的推移甚至可能将它添加到memisc包中。任何人？

答案 2 :(得分：18)

stargazer包是另一个不错的选择。它支持来自许多常用函数和包（lm，glm，svyreg，survival，pscl，AER）以及zelig的对象。除了回归表，它还可以输出数据帧的摘要统计信息，或直接输出数据帧的内容。

答案 3 :(得分：15)

我有一些技巧可以解决xtable和Latex的有趣“功能”，我将在这里分享。

技巧＃1：删除列中的重复项和技巧＃2：使用Booktabs

首先，加载包并定义我的清理功能

<<label=first, include=FALSE, echo=FALSE>>= 
    library(xtable)
    library(plyr)

    cleanf <- function(x){     
        oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])  
        # is the value equal to the previous?    
        res <- x
        res[oldx] <- NA
        return(res)}

现在生成一些假数据

data<-data.frame(animal=sample(c("elephant", "dog", "cat", "fish", "snake"), 100,replace=TRUE),
            colour=sample(c("red", "blue", "green", "yellow"), 100,replace=TRUE),
            size=rnorm(100,mean=500, sd=150),
            age=rlnorm(100, meanlog=3, sdlog=0.5))

    #generate a table
    datatable<-ddply(data, .(animal, colour), function(df) {
                return(data.frame(size=mean(df$size), age=mean(df$age)))
            })

现在我们可以生成一个表，并使用clean函数删除标签列中的重复条目。 

cleandata<-datatable
cleandata$animal<-cleanf(cleandata$animal)
cleandata$colour<-cleanf(cleandata$colour)
@

这是正常的xtable 

<<label=normal, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        datatable
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@

这是一个普通的xtable，其中自定义函数将重复项转换为NA 

<<label=cleandata, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        cleandata
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@

此表使用booktab包（并且标题中需要\ usepackage {booktabs}）

\begin{table}[!h] 
        \centering
        \caption{table using booktabs.}
        \label{tab:mytable}
<<label=booktabs, echo=F,results=tex>>= 
            mat <- xtable(cleandata,digits=rep(2,ncol(cleandata)+1))
            foo<-0:(length(mat$animal))
            bar<-foo[!is.na(mat$animal)]
            print(mat, 
                  sanitize.text.function = function(x){x},
                  floating=FALSE,
                  include.rownames=FALSE,
                  hline.after=NULL, 
                  add.to.row=list(pos=list(-1,bar,nrow(mat)), 
                  command=c("\\toprule ", "\\midrule ", "\\bottomrule ")))
  #could extend this with \cmidrule to have a partial line over
  #a sub category column and \addlinespace to add space before a total row
@

答案 4 :(得分：12)

taRifx包中的两个实用程序可以协同使用，以生成嵌套层次结构的多行表。

library(datasets)
library(taRifx)
library(xtable)

test.by <- bytable(ChickWeight$weight, list( ChickWeight$Chick, ChickWeight$Diet) )
colnames(test.by) <- c('Diet','Chick','Mean Weight')
print(latex.table.by(test.by), include.rownames = FALSE, include.colnames = TRUE, sanitize.text.function = force)
#   then add \usepackage{multirow} to the preamble of your LaTeX document
#   for longtable support, add ,tabular.environment='longtable' to the print command (plus add in ,floating=FALSE), then \usepackage{longtable} to the LaTeX preamble

sample table output

答案 5 :(得分：5)

...和Xick中的＃3多行条目

生成更多数据

moredata<-data.frame(Nominal=c(1:5), n=rep(5,5), 
        MeanLinBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        LinCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""),
        MeanQuadBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        QuadCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""))

names(moredata)<-c("Nominal", "n","Linear Model \nBias","Linear \nCI", "Quadratic Model \nBias", "Quadratic \nCI")

现在生成我们的xtable，使用sanitize函数用正确的Latex换行符命令替换列名（包括双反斜杠，这样R很高兴）

<<label=multilinetable, results=tex, echo=FALSE>>=
foo<-xtable(moredata)
align(foo) <- c( rep('c',3),'p{1.8in}','p{2in}','p{1.8in}','p{2in}' )
print(foo, 
            floating=FALSE, 
            include.rownames=FALSE,
            sanitize.text.function = function(str) {
                str<-gsub("\n","\\\\", str, fixed=TRUE)

                return(str)
            }, 
            sanitize.colnames.function = function(str) {
                str<-c("Nominal", "n","\\centering Linear Model\\\\ \\% Bias","\\centering Linear \\\\ 95\\%CI", "\\centering Quadratic Model\\\\ \\%Bias", "\\centering Quadratic \\\\ 95\\%CI \\tabularnewline")
                return(str)
            })
@

（虽然这并不完美，因为我们需要\ tabularnewline，所以表格格式正确，Xtable仍然放在最后的\，所以我们最终在表格标题下方留下一个空行。）

答案 6 :(得分：5)

您还可以使用R package micsFuncs中的latextable函数：

http://cran.r-project.org/web/packages/miscFuncs/index.html

latextable（M）其中M是具有混合字母和数字条目的矩阵，在屏幕上输出基本的LaTeX表，可以将其复制并粘贴到LaTeX文档中。如果数字很小，它也会用索引表示法替换它们（例如1.2x10 ^ { - 3}）。

答案 7 :(得分：5)

用于将多个回归模型聚合到LaTeX表中的另一个R包是texreg。

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