如何使用Openbug在ODE中编码缺少的隔离专区的初始值

时间:2019-02-10 16:41:55

标签: ode openbugs

我想使用openBUGS推断常微分方程(传染病区室模型)中的参数。 但是,我不知道隔室之一的初始值。 如何在openBUGS中编写隔离专区的缺失值?

下面是我编写的代码。

在代码中,两个隔室模型 “ C”表示车厢 C [2]隔离专区的初始值是缺失值。

当然,该代码无法初始化:(

(错误消息:节点C [2]的多个定义)

我无法解决问题。 预先谢谢你。

import sys
print ("--sys.version--")
print (sys.version)
from pyhive import hive
import csv
import os
import happybase
import time
import subprocess
import datetime
import chardet
import logging
logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)


csv_list=[]

col=[]
def conn_base():
    print('conn_base starts')


    #SETTING CONNECTION AND CONFIGURATION
    conn=happybase.Connection('13.xxx.xxx.xxx',port=9090)
    table=conn.table(b'TEMP_TABLE')

    #ITERATE DATA AND MAKE CSV FILE PER 100,000 RECORD. AND TAKE A TIME TO SLEEP PER 500000
    tmp=[]
    print('LET\'S MAKE CSV FILE FROM HBASE')
    index=0
    st=0
    global csv_list
    for row_key, data in table.scan():
        try:
           if (st%1000000==0):
                time.sleep(30)
                print("COUNT: ",st)
            if (st%500000==0):

               print("CHANGE CSV _FILE")
                index+=1
                ta_na='TEMP_TABLE'+str(index)+'_version.csv'
                csv_list.append(ta_na)

            st+=1
            with open('/home/host01/csv_dir/TEMP_TABLE/'+csv_list[index-1] ,'a') as f:
                tmp=[]
                tmp.append(data[b'CF1:XXXXX'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:YYYYY'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:DDDDD'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:SSSSS'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:GGGGG'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:HHHHH'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:QQQQQ'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:WWWWWW'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:EEEEE'].decode())
                tmp.append(data[b'CF1:RRRRR'].decode())


                f.write(",".join(tmp)+'\n')
                tmp=[]

        except:
            pass


        #PUT CSV FILES TO HDFS.
        st=1
        for i in range(len(csv_list)):
            try:
                st+=1
                cmd="hdfs dfs -put /home/host01/csv_dir/TEMP_TABLE"+str(csv_list[i])+" /user/hive/warehouse/TEMP_TABLE/"
                subprocess.call(cmd,shell=True)
                if (st%50==0):
                    time.sleep(5)


            except:
                pass
        cmd="hdfs dfs -put /home/host01/csv_dir/TEMP_TABLE/*.csv  /user/hive/warehouse/TEMP_TABLE/"
        subprocess.call(cmd,shell=True)

        print("PUT ALL CSV FILES TO HDFS")
        conn.close()

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