OpenTargets:如何按途径过滤?

时间:2019-02-04 15:53:38

标签: python

我正在使用here中所述的OpenTargets库。

使用网站/界面,我可以搜索糖尿病,并进行过滤以仅将基因保留在“代谢”途径类型中,然后按“总体关联评分”进行排序,如下图所示: here

我想使用他们的API做同样的方法。通过以下代码,我可以获取与糖尿病相关的基因列表,并按关联得分进行排名:

from opentargets import OpenTargetsClient
ot = OpenTargetsClient()
target_list = []
ass_for_disease = ot.get_associations_for_disease('diabetes')
for a in ass_for_disease:
    target = a['id']
    score = float(a['association_score']['overall'])
    if score == 1.0:
        target_list.append(target.strip().split('-')[0])

print(target_list) 

但是,我无法找出如何仅在“代谢”途径中保留基因的附加过滤器。

有人知道我应该在这里使用什么额外的过滤器才能使它工作?

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