如何知道R包依赖哪个linux库？

Question

我正在R中做一些工作，具体取决于软件包ldatuning。我设置好程序包，并在本地Windows机器上运行脚本。似乎需要一段时间才能运行，因此我在云中启动了Linux VM（Ubuntu 16.06）以运行脚本。我尝试使用install.packages('ldatuning')在R中设置环境，但是有很多错误。经过一番挖掘之后，我意识到ldatuning所依赖的某些R软件包也依赖于Linux库。实际上，有三个不同的软件包依赖于Linux库。在每种情况下，我都必须搜索堆栈溢出，并且总是找到简短的答案，例如this one或this one。那么回答这些问题的人们又如何知道要安装哪些库呢？我知道经常有直接依赖于Linux库的R包，但是我如何才能提前知道我需要的确切Linux库呢？例如，对于R库gmp，我的猜测是尝试sudo apt-get install gmp，但不工作 - 这是sudo apt-get install libgmp3-dev。我怎么能发现R包gmp取决于libgmp3-dev？

Answer 1

不幸的是有没有对付这个伟大的，完整的，统一的方式。为此，https://github.com/r-hub/sysreqsdb是一个很棒的项目，您一定要检查一下它，它可能会对您有所帮助。

此外，当您由于未满足系统依赖性而在安装软件包时出错时，部分安装输出将告诉您如何解决问题；例如，从失败的安装在这里的输出的一部分pdftools：

No package 'poppler-cpp' found
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/include/poppler/cpp -I/usr/include/poppler
Using PKG_LIBS=-lpoppler-cpp
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because poppler-cpp was not found. Try installing:
 * deb: libpoppler-cpp-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: poppler-cpp-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: poppler_dev (Solaris)
 * brew: poppler (Mac OSX)
If poppler-cpp is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a poppler-cpp.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘pdftools’
* removing ‘/home/duckmayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/pdftools’

不过，还是有一些情况下，这些事情不会解决您的问题。我将始终检查软件包的DESCRIPTION和/或网站-他们经常在其中提及系统依赖项，并且经常提及可以从何处获得依赖性，但并非总是如此。对于剩余的情况下，你只需要希望成为幸运的谷歌搜索你的问题。

示例：pdftools

pdftools CRAN page（我通过谷歌搜索“ r pdftools”到达）显示了其DESCRIPTION中的信息，包括

  

系统需求：Poppler C ++ API：libpoppler-cpp-dev（deb）或poppler-cpp-devel（rpm）。单元测试还需要'poppler-data'软件包（rpm / deb）

因此，即使他们上面没有该信息，我也可以那样找到。

示例：ldatuning

如果你看一下ldatuning CRAN page，你会看到没有这样的条目。这是因为它没有任何系统的依赖 - 它的R软件包的依赖关系做。在这种情况下，您会希望查看哪个软件包安装失败（通过查看install.packages("ldatuning")之后的输出来发现（听起来像您的情况），Rmpfr安装失败。

因此，只需转到Rmpfr CRAN page即可查看

  

系统要求：gmp（> = 4.2.3），mpfr（> = 3.0.0）

更有用，但没有pdftools示例那么有用。然而，它也列出了

  

URL：http://rmpfr.r-forge.r-project.org/

然后，在该页面上，我们看到

  

从源安装：需要MPFR和GMP库   从上面的网页，或者从Linux发行软件包系统更方便地：

     

Debian，Ubuntu等。 。 。 。 。 。 。 ：命令和apt-get安装libmpfr-dev的
  Fedora，Redhat，CentOS（开放）SuSE：sudo dnf安装mpfr-devel

这应该让你排序。