主成分分析中应如何包括样品

Question

我打算使用PCA识别环境样品中的污染物来源。我们有来自环境样本和可疑来源的数据。我们想使用PCA检查哪些来源的化学成分与环境样品相似，因此可能是主要来源。使用得分图描述了构图的相似性。我可以通过两种方式执行PCA：第一种方法是包括来自样本和源的数据，并运行PCA。第二种方法是仅将样本数据包括在PCA中，并使用PCA模型来预测来源的得分。不知道哪种方法正确？或这两种方法都存在某些限制，并且方法的选择取决于数据集。