如何从python 3.6虚拟环境运行miniconda中安装的qiime2命令

Question

我有一个在python 3.6虚拟环境中运行的flask应用程序，需要从该应用程序运行qiime2命令。 qiime2安装在miniconda虚拟环境中。我的ubuntu在/ usr / bin中有python 3.6，但是“哪个python”返回：/ home / **** / miniconda3 / bin / python，版本为3.7.1

我已经使用“ subprocess.run”来运行qiime2命令。但是某些命令（例如demux，quality-filter）有效，而某些命令（例如deblur）则给出以下错误：

  

[Errno 2]没有这样的文件或目录：'deblur'

我的subprocess.call如下：

qiime_runner = '/home/***/miniconda3/envs/qiime2-2018.11/bin/qiime'
cmd = qiime_runner + " " + command_with_args
p = subprocess.run(cmd, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, shell=True)

我还尝试如下手动激活conda环境：

cmd = '/home/****/miniconda3/bin/activate;' + cmd

但是仍然不起作用。如果我在qiime2 conda环境中从终端运行命令，则该命令有效。

我们必须在python环境中运行flask应用程序。

有人可以帮我一些想法吗？

此致