从R中的热映射集群中获取每个集群的行名

Question

在R中使用heatmaply后，我试图获取所有行元素的5个列表。我将k_row = 5设置为使树状图显示5种不同的颜色。我只想返回5个列表的列表，其中每个列表都包含集群中的行元素。行是名称，列是类别。

Answer 1

您可以直接从相同数据的树状图获得聚类。例如：

heatmap = heatmaply(mtcars, k_row = 3,
                       dist_method = "euclidean", hclust_method ="complete")

要从相同的数据中获取行簇：

dend <- hclust(dist(mtcars, method = "euclidean"), method = "complete")
cutree(dend, k = 3)

cutree命令将返回数据集中每一行的赋值。您会注意到它们的大小与热图中的大小相同。这与heatmaply运行以为群集着色的命令相同。