Question

我有一个本质上应该能够基于一行文本（字符串）初始化自身和设置内部值的类。这在创建单个实例时似乎很好用，但是，在创建第二个实例时，馈入第一个实例的文本行显然会馈入第二个实例的内部变量之一！该类的 init 构造函数使用所有相关参数的默认值定义，这些默认参数将传递给相应的内部变量。具体来说，“ prefixComments”参数的默认设置为[]，这意味着“ self.PrefixComments”应设置为相同的内容（一个空列表）……不幸的是，显然它已被设置为文本行用来创建先前的对象（或者至少是我的最佳猜测）。

我真的对这里发生的事情感到困惑。关于如何解决它的任何想法。代码和输出如下：

代码：

import collections
from collections import OrderedDict
import numpy as np
import string
import re
import gc

class AtomEntry:
    def __init__(self,atomName="",atomType="",charge=0.0,
                 comment="",prefixComments=[],
                 verbose=False):
        self.Name=atomName
        self.Type=atomType
        self.Charge=charge
        self.Comment=comment
        self.PrefixComments=prefixComments

    def from_line_string(self,line):
        #returns 1 if an error is encountered, 0 if successful
        lineTokens=line.split()
        if len(lineTokens)<4:
            print("Error: too few entries to construct ATOM record")
            return(1)
        elif lineTokens[0] != "ATOM":
            print("ERROR: atom entries must begin with the keyword 'ATOM'")
            return(1)
        else:
            self.Name=lineTokens[1]
            self.Type=lineTokens[2]
            self.Charge=float(lineTokens[3])
            if len(lineTokens) >=5:
                self.Comment=string.replace(
                    s=' '.join(lineTokens[5:len(lineTokens)]),
                    old='!',new='')
        return(0)

    def to_str(self,nameOnly=False):
        if nameOnly:
            return "%s"%(self.Name)
        else: 
            return repr(self)

    def __repr__(self):
        outStrs=self.PrefixComments
        outStrs.append(
            "ATOM %6s %6s %6.3f !%s"%(
                self.Name,self.Type,self.Charge,self.Comment))
        return ''.join(outStrs)

tempAtom1=AtomEntry()
tempAtom1.from_line_string("ATOM S1     SG2R50 -0.067 !   93.531")
print tempAtom1
print ""
gc.collect()
tempAtom2=AtomEntry()
tempAtom2.from_line_string("ATOM C1     CG2R53  0.443 !   83.436")
print tempAtom2
print""

print tempAtom2.Name
print tempAtom2.Type
print tempAtom2.Charge
print tempAtom2.Comment
print tempAtom2.PrefixComments

gc.collect()

输出：

ATOM     S1 SG2R50 -0.067 !93.531

ATOM     S1 SG2R50 -0.067 !93.531ATOM     C1 CG2R53  0.443 !83.436

C1
CG2R53
0.443
83.436
['ATOM     S1 SG2R50 -0.067 !93.531', 'ATOM     C1 CG2R53  0.443 !83.436']

Answer 1

您遇到了两个问题，都与重用list有关。一，您为prefixComments / self.PrefixComments使用了可变的默认参数。 Don't do that。将初始化程序更改为：

def __init__(self,atomName="",atomType="",charge=0.0,
             comment="",prefixComments=(),
             verbose=False):
    self.Name=atomName
    self.Type=atomType
    self.Charge=charge
    self.Comment=comment
    self.PrefixComments = list(prefixComments)

首先避免接收可变参数，然后将其显式浅表复制到新的list，以使调用者的参数与属性断开链接。

第二，您的__repr__正在修改此属性，因此__repr__不是幂等的；每次您调用它时，它都会建立起来。也可以解决此问题：

def __repr__(self):
    outStrs=self.PrefixComments[:]  # Shallow copy the l
    outStrs.append(
        "ATOM %6s %6s %6.3f !%s"%(
            self.Name,self.Type,self.Charge,self.Comment))
    return ''.join(outStrs)

旁注：from_line_string实际上应该是备用构造函数，因此您可以直接使用它从字符串中创建新实例，而不必制作空白对象以仅在下一行重新初始化它。这很容易解决；只需将其更改为解析后的classmethod，然后调用常规构造函数（并引发错误异常，而不是使用易于丢失错误的C样式返回码）：

# Makes sure this works either on the class or an instance of the class
# as a constructor of a brand new instance
@classmethod
def from_line_string(cls, line):
    # Returns a new instance, or raises an exception if an error is encountered
    lineTokens = line.split()
    if len(lineTokens) < 4:
        raise ValueError("too few entries to construct ATOM record")
    elif lineTokens[0] != "ATOM":
        raise ValueError("atom entries must begin with the keyword 'ATOM'")

    name=lineTokens[1]
    type=lineTokens[2]
    charge=float(lineTokens[3])
    # This works fine, producing an empty string, even if lineTokens is
    # doesn't have an index 5 or higher; comment will be the empty string
    comment = ' '.join(lineTokens[5:]).replace('!', '')
    return cls(name, type, charge, comment)

那将简化您的使用：

tempAtom1=AtomEntry()
tempAtom1.from_line_string("ATOM S1     SG2R50 -0.067 !   93.531")

收件人：

tempAtom1 = AtomEntry.from_line_string("ATOM S1     SG2R50 -0.067 !   93.531")

您可能还想将__init__的大多数参数设为强制性的（除了comment和prefixComment之外，没有其他默认值），因为其他三个属性是必需的，并且您不再需要创建空实例，只需使用from_line_string重新初始化它们即可。

在python 2.7中创建新的不同类实例时出现问题

1 个答案: