Question

我有一个列表（dflist），其中包含数据帧（dfX），该数据帧包含针对样本集合（例如样本1-3； samp）的度量。每个数据框本身都包含使用特定仪器（例如仪器1-3； inst）测量的特定样品的测量值。例如，数据框1包含样品1的仪器1的测量值，数据框2包含样品1的仪器2的测量值，数据框3包含样品3的仪器1的测量值，依此类推。

> a1 <- c('a1', 'b1', 'c1')
> a2 <- c('a2', 'b2', 'c2')
> a3 <- c('a3', 'b3', 'c3')
> a4 <- c('a4', 'b4', 'c4')
> b1 <- c(1:3)
> b2 <- c(4:6)
> b3 <- c(7:9)
> b4 <- c(10:12)
> c1 <- c('samp1', 'samp1', 'samp1')
> c2 <- c('samp1', 'samp1', 'samp1')
> c3 <- c('samp2', 'samp2', 'samp2')
> c4 <- c('samp2', 'samp2', 'samp2')
> d1 <- c('inst1', 'inst1', 'inst1')
> d2 <- c('inst2', 'inst2', 'inst2')
> d3 <- c('inst1', 'inst1', 'inst1')
> d4 <- c('inst2', 'inst2', 'inst2')
> df1 <- data.frame(a1, b1, c1, d1)
> df2 <- data.frame(a2, b2, c2, d2)
> df3 <- data.frame(a3, b3, c3, d3)
> df4 <- data.frame(a4, b4, c4, d4)
> nams <- c('Reads', 'Mean_Val', 'Samp', 'Inst')
> dflist <- list(df1, df2, df3, df4)
> dflist <- lapply(dflist, setNames, nm=nams)
> dflist
[[1]]
  Reads Mean_Val  Samp  Inst
1    a1        1 samp1 inst1
2    b1        2 samp1 inst1
3    c1        3 samp1 inst1

[[2]]
  Reads Mean_Val  Samp  Inst
1    a2        4 samp1 inst2
2    b2        5 samp1 inst2
3    c2        6 samp1 inst2

[[3]]
  Reads Mean_Val  Samp  Inst
1    a3        7 samp2 inst1
2    b3        8 samp2 inst1
3    c3        9 samp2 inst1

[[4]]
  Reads Mean_Val  Samp  Inst
1    a4       10 samp2 inst2
2    b4       11 samp2 inst2
3    c4       12 samp2 inst2

我想做的是遍历列表并合并包含相同样本测量值的数据框（即，将df乘以samp），以得到如下输出：

[[1]]
  Reads Mean_Val  Samp  Inst
1    a1        1 samp1 inst1
2    b1        2 samp1 inst1
3    c1        3 samp1 inst1
4    a2        4 samp1 inst2
5    b2        5 samp1 inst2
6    c2        6 samp1 inst2

[[2]]
  Reads Mean_Val  Samp  Inst
1    a3        7 samp2 inst1
2    b3        8 samp2 inst1
3    c3        9 samp2 inst1
4    a4       10 samp2 inst2
5    b4       11 samp2 inst2
6    c4       12 samp2 inst2

我相信解决方案将涉及merge和subset，但是我真的不知道如何做到这一点，就我而言，我已经完全陷入僵局。

Answer 1

您可以将它们与以下各项放在一起：

Reduce(rbind, dflist)

给出：

   Reads Mean_Val  Samp  Inst
1     a1        1 samp1 inst1
2     b1        2 samp1 inst1
3     c1        3 samp1 inst1
4     a2        4 samp1 inst2
5     b2        5 samp1 inst2
6     c2        6 samp1 inst2
7     a3        7 samp2 inst1
8     b3        8 samp2 inst1
9     c3        9 samp2 inst1
10    a4       10 samp2 inst2
11    b4       11 samp2 inst2
12    c4       12 samp2 inst2

如果您希望将其放回由样本分隔的数据帧列表中（尽管使用imho可能更容易使用完整的数据帧）：

df <- Reduce(rbind, dflist)
split(df, df$Samp)

哪个会给您返回长度为2的列表：

$samp1
  Reads Mean_Val  Samp  Inst
1    a1        1 samp1 inst1
2    b1        2 samp1 inst1
3    c1        3 samp1 inst1
4    a2        4 samp1 inst2
5    b2        5 samp1 inst2
6    c2        6 samp1 inst2

$samp2
   Reads Mean_Val  Samp  Inst
7     a3        7 samp2 inst1
8     b3        8 samp2 inst1
9     c3        9 samp2 inst1
10    a4       10 samp2 inst2
11    b4       11 samp2 inst2
12    c4       12 samp2 inst2

祝你好运！

将列表中存储的数据框分组为单独的新数据框

1 个答案: