代码

Question

我建立了一个线性混合模型来分析我的数据，并使用包multcomp进行成对比较。我已经用模型输出创建了一个ggplot，我想将cld()输出（字母）放在条形上方。

但是我不知道如何从cld()输出中提取字母。它是一个包含10个对象的列表，其中包含许多对象和向量，坦率地说，我并没有完全理解其中的一半（而且，尽管我多次阅读它们并进行了许多基本练习，但是我对列表的经验很少，但我仍然觉得很难掌握）。

当您在R中运行cld()时，它将准确显示您在控制台中需要的内容，这就是我想要提取的内容。到目前为止，我的互联网搜索没有任何解决方法。

代码

# packages
library(lme4)
library(multcomp)
library(ggplot2)

# dummy dataset
treatment <- c(rep("X",4),rep("Y",4),rep("Z",4))
replicate <- rep(c("A","B","C","D"),3)
Y <- c(18.853,20.165,20.120,21.000,18.772,19.825,20.874,19.001,22.007,21.875,21.235,21.904)
data <- data.frame(treatment,replicate,Y)

# model
lm1 <- lmer(Y ~ treatment + (1|replicate), data=data)
drop1(lm1, test="Chisq")

# pairwise comparison
pc1 <- glht(lm1, mcp(treatment = "Tukey"))
summary(pc1)
cld(pc1, level=0.05) # how to extract this result?

# parameter estimates
lm1.e <- lmer(Y ~ treatment -1 + (1|replicate), data=data)

# plotfile
pfile <- data.frame(treatment=c("X","Y","Z"))
pfile$Y <- fixef(lm1.e)
pfile$SE <- summary(lm1.e)$coefficients[,2]
pfile$minSE <- pfile$Y-pfile$SE
pfile$maxSE <- pfile$Y+pfile$SE

# plot
ggplot(pfile, aes(treatment, Y)) + # how to add cld() result above bars?
  xlab("Treatment") +
  ylab(expression(paste("Y (g)", sep=""))) +
  geom_col(position = "dodge", color="black", fill="white") +
  geom_errorbar(aes(ymin=minSE, ymax=maxSE), width=.2, position=position_dodge(0.9))

Answer 1

使用multcomp:::print.cld，您可以看到代码，基本上可以看到它的调用：print(x$mcletters$Letters)

R Multcomp：提取cld输出

代码

1 个答案: