生存分析中如何处理不可逆矩阵

Question

我是生存分析的新手。我尝试使用CoxPHFitter，但遇到此错误。 numpy.linalg.linalg.LinAlgError: Matrix is singular.

遇到此错误后，我知道我的一列中有不可逆矩阵。

那我现在该怎么办？我不能使用该列吗？如果是的话，那篇专栏文章我能得出什么结论？

完整堆栈跟踪：

  

回溯（最近通话最近）：     在第79行的文件“ surv_model.py”中       cph.fit（X，'T'，event_col ='label'）     适合的文件“ /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/lifelines/fitters/coxph_fitter.py”，第165行       step_size = step_size）     _newton_rhaphson中的第253行的“ /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/lifelines/fitters/coxph_fitter.py”文件       inv_h_dot_g_T = spsolve（-h，g.T，sym_pos = True）     解决文件“ /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scipy/linalg/basic.py”，第251行       _solve_check（n，信息）     _solve_check中的文件“ /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scipy/linalg/basic.py”，第31行       引发LinAlgError（'Matrix is singular。'）   numpy.linalg.linalg.LinAlgError：矩阵是奇数。

我正在使用python lifelines

Answer 1

您可以尝试使用矩阵的Moore-Penrose inverse，该矩阵一直存在。但是请注意，在不可逆矩阵的情况下，这仅是最优解的最小二乘方。

重新考虑您的问题，注释是正确的：添加一个正则化参数。这实际上似乎是一个已知问题：https://github.com/sebp/scikit-survival/issues/28#issuecomment-370918386