单节点/多核作业的摘要脚本中是否需要使用srun？

Question

我正在运行一个非常常见的生物信息学工具/命令bowtie2-build。它可以在单个节点上使用多线程（不是MPI类型的作业）。我有以下sbatch脚本（基本上）：

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem=15G
#SBATCH --time=3:00:00

bowtie2-build --threads $SLURM_CPUS_ON_NODE GRCh38.fa GRCh38

我在某处读到，每当请求多个CPU时，都必须使用srun，以便上面的最后一行应为srun bowtie2-build ...？是真的吗我还了解到，对于MPI作业，srun或mpirun均可用于启动多个进程。但是我确实需要澄清在多线程的单节点情况下使用srun的情况。感谢您的帮助！

（顺便说一句：在这种特殊情况下，我将多线程等同于多核）。

Answer 1

对于同节点计算（多线程等），srun不是强制性的，但使用它可以提供更好的控制和Slurm的更好反馈。

如果您的程序以srun开始，那么Slurm可以更容易地管理它（发送UNIX信号，如果它使用的资源比请求的多，则杀死它，等等），以及sstat命令将能够为您提供接近实时的内存使用情况，CPU效率等。