更改用于绘制热图的矩阵的列名级别

Question

我有矩阵，可以使用R中的pheatmap包绘制热图。

我的矩阵就像：

Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9

如果我不对列进行聚类，则热图会将列的顺序设置为A，B和C。如果我想将顺序设置为B，C，A怎么办？

我尝试过：

colnames(matrix)<-factor(colnames(matrix),levels = c("B","C","A"))

但它不起作用。

Answer 1

只需手动重新排列矩阵的列即可。

mat <- as.matrix(data.frame(df[, -1], row.names = df[, 1]))

library(pheatmap)
pheatmap(mat[, c("B", "C", "A")], cluster_rows = F, cluster_cols = F)

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样本数据

df <- read.table(text =
    "Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9", header = T)