添加p值以比较组意味着在带有框图/小提琴的gganimate gif中有时不同

Question

我当前使用gganimate印刷小提琴的代码如下

  library(ggplot2); library(gganimate); library(ggpubr)
  ggplot(dat2, aes(x=diet, y=bicep, fill=diet)) + 
  geom_violin() +
  scale_fill_manual(values=c("#00AFBB", "#FC4E07")) +
  stat_compare_means(aes(label = ..p.format..), paired = FALSE, label.x.npc = 0.5) +
  labs(title = 'Week: {frame_time}') +
  transition_time(time) +
  ease_aes('linear')

此处打印出p值，但它们只是总体p值。我希望p值随时间（0、6和12周）变化。在我的研究中，每个结局测量值（二头肌）是在三个不同的时间（0、6和12周或时间1，时间2，时间3）进行的，如果我可以显示在时间0处变化的p值，那就太好了， 6、12。这里，我将使用不成对的t检验来比较饮食/治疗中的组均值。

或者，在两种饮食的“ 3”时的二头肌与“ 1”时的二头肌进行比较的最后，显示p值（配对t检验）。

我将如何去做？感谢您阅读本文。

数据结构

 structure(list(code = c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 
4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L), diet = c("a", 
"a", "a", "b", "b", "b", "a", "a", "a", "b", "b", "b", "a", "a", 
"a", "b", "b", "b", "a", "a", "a", "b", "b", "b"), time = c(1L, 
2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 
3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), bicep = c(8L, 7L, 7L, 9L, 9L, 9L, 
11L, 10L, 9L, 11L, 11L, 12L, 12L, 11L, 10L, 9L, 9L, 9L, 12L, 
10L, 8L, 12L, 12L, 12L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-24L))

可复制的加尼玛尼特码

    ggplot(example3, aes(x=diet, y=bicep, fill=diet)) + 
  geom_violin() +
  scale_fill_manual(values=c("#00AFBB", "#FC4E07")) +
  stat_compare_means(aes(label = ..p.format..), paired = FALSE, label.x.npc = 0.5) +
  labs(title = 'Week: {frame_time}') +
  transition_time(time) +
  ease_aes('linear')

Answer 1

您可以尝试预先计算p。值。

var a_string = 'Some text <a href="mailto:mail@example.com">example 1</a></p> some <a href="www.example2.com"> example 2</a>text',
el = document.createElement('p');
el.innerHTML = a_string;
var a = el.querySelectorAll('a');
var texts = [].slice.call(a).map(function(val){
   return val.innerHTML;
});
alert(texts);
// TODO ieterate and replace occurence n with texts[n]

您需要安装library(gganimate) library(tidyverse) example3 %>% group_by(time) %>% mutate(p=wilcox.test(bicep~diet, exact =F)$p.value, max=max(bicep, na.rm = T)) %>% ggplot() + geom_violin(aes(x=diet, y=bicep, fill=diet)) + geom_text(data = . %>% distinct(p, max, time), aes(x=1.5, y = max+.5, label=as.character(round(p,2))), size=12) + transition_time(time) + ease_aes('linear')