我有一组需要导入到Plink中的.gprobs文件。但是,我仍然遇到相同的错误-即使删除了该行及其周围的行,该行仍存在问题。
数据:我连接了所有22条染色体.gprobs文件。为此,我确实将各个.gprobs文件开头的'---'替换为相应的染色体编号(因此,现在每行以CHR SNP BP A1 A2 ...开头)。我还删除了插补不佳的SNP(INFO得分低于0.7)
代码:
plink --gen data_chrALL.gprobs_chrcol_below0.7inforemoved --sample data_chr1.sample --out data_chrALL.gprobs_plink
错误消息:
--data: 13404k variants converted.Error: Line 13404781 of .gen file has fewer tokens than expected.
如上所述,我删除了该特定行并重新运行它,并得到了相同的错误消息。我尝试删除上方和下方的行(以防编号被标题或其他东西挡住了?),但同样,还是完全相同的错误。
任何想法或建议将不胜感激!!!我不确定这是否是发布此内容的最佳地点,但我迫切需要帮助。