Question

我有此列表l

l

    $`5216014`
    $`5216014`[[1]]
                name     key    rank
    1       Animalia       1 kingdom
    2       Chordata      44  phylum
    3 Elasmobranchii     121   class
    4     Rajiformes     884   order
    5        Rajidae    5877  family
    6           Raja 2342057   genus
    7  Raja montagui 5216014 species


    $`5216208`
    $`5216208`[[1]]
                   name     key    rank
    1          Animalia       1 kingdom
    2          Chordata      44  phylum
    3    Elasmobranchii     121   class
    4        Rajiformes     884   order
    5           Rajidae    5877  family
    6         Amblyraja 2420436   genus
    7 Amblyraja radiata 2420446 species

我只想提取row和name列的key数字7并创建一个像这样的数据库：

df

name                key
Raja montagui       5216014
Amblyraja radiata   2420446

我尝试使用lapply函数：

lapply(l,function(x) x[7])

但是结果是这样的：

$`5216014`
$`5216014`[[1]]
NULL


$`5216208`
$`5216208`[[1]]
NULL

我试图在数据框中转换l：

data.frame(matrix(unlist(l)))

但是我获得了一个大列，其中所有数据为：

kingdom
phylum
class
order
family
genus
species
Animalia
Chordata
Elasmobranchii
4943
Rajiformes
Rajidae
Raja
Raja montagui
1
44
121
884
5877
2342057
5216014
4954
kingdom
phylum
class
order
family
genus
species
Animalia
Chordata
Elasmobranchii
Rajiformes
4965
Rajidae
Amblyraja
Amblyraja radiata
1
44
121
884
5877
2420436
2420446
kingdom
phylum
class
order
family
genus
species

我在哪里错了？

P.S：这种list l是软件包rgbif的输出，代码为

    keySpecies <- c(5216014,2420446)
    l.1 <- occ_search(taxonKey=keySpecies,
      limit=1, return='hier',
      curlopts=list(verbose=F))
l <- l.1[c(1:length(unique(keySpecies)))] #cut all element of list that are not useful

Answer 1

lapply(l,function(x) x[7])已经结束，但是您需要索引[row, column]，而不仅仅是[row]。而是这样做：

res = lapply(l,function(x) x[7, c("name", "key")])
# or more simply
res = lapply(l, "[", 7, c("name", "key"))

这仍然会为您提供list，您需要将其合并到一个数据框中：

do.call(rbind, res)

编辑：我安装了您的软件包并运行了您的代码，显然l是数据帧列表的列表，而不是数据帧列表。所以我们也需要提取它：

res = lapply(lapply(l, "[[", 1), "[", 7, c("name", "key"))
res = do.call(rbind, res)
res
#                      name     key
# 5216014     Raja montagui 5216014
# 2420446 Amblyraja radiata 2420446

如何从此列表（从rgbif）中提取值并将其转换为R中的数据帧？

1 个答案: