Question

我正在编写一个代码，将对齐方式从多个文件转换为叶格式，然后将所有对齐方式输出到单个文件。我似乎找不到让AlignIO.write（）获取多个输入文件并生成单个输出文件的好方法。以下代码适用于单个文件：

import glob
from Bio import AlignIO

path = "alignment?.nexus"

for filename in glob.glob(path):
    for alignment in AlignIO.parse(filename, "nexus"):
        AlignIO.write(alignment, "all_alignments", "phylip-relaxed")

Answer 1

您可以使用.write()通过写入文件句柄而不是字符串文件名来有效地附加到输出文件：

with open("all_alignments", "w") as output_handle: 
    for filename in glob.glob(path):
        for alignment in AlignIO.parse(filename, "nexus"):
            AlignIO.write(alignment, output_handle, "phylip-relaxed")

另一种方法是yield所有对齐方式（或将它们存储在列表中或类似位置），然后使用可迭代的字符串文件名（和格式）作为参数调用.write()： / p>

def yield_alignments():
    for filename in glob.glob(path):
        for alignment in AlignIO.parse(filename, "nexus"):
            yield alignment

AlignIO.write(yield_alignments(), "all_alignments", "phylip-relaxed")

第二种感觉至少对旧版本的Biopython更具侵入性，但性能可能更高。

来自biopython AlignIO的多个输入文件作为单个文件输出

1 个答案: