Question

我希望获取一份样品清单，并将其放入特定大小的数据框（96孔板）中。

我有一些脚本可以帮助我做到这一点：

#some sample ids
ids <- c(LETTERS, letters)
#plate size:
n <- 96
nrow <- 8
samples <- character(n)
samples[seq_along(ids)] <- ids

samples <- matrix(samples, nrow=nrow)
colnames(samples) <- seq_len(n/nrow)
rownames(samples) <- LETTERS[seq_len(nrow)]

但是，我的ids列表的长度超过96个样本，我希望一旦第一个样本已满就开始一个新的“标牌”数据帧。任何帮助表示赞赏。

Answer 1

split函数可用于将数据分成96个元素组成的板块列表。完成后，您可以将每个单独的板矢量适当地成形为矩阵：

# example data
ids = paste0(LETTERS, 1 : 1000)

# Ensure that IDs fit evenly into 96 well plates and fill potential
# empty wells with dummy data.
if (length(ids) %% n != 0L) {
    ids = c(ids, rep('', n - length(ids) %% n))
}

# Which plate (1 … number of plates) does each ID belong to?
plate_ids = (seq_along(ids) - 1L) %/% n + 1L

plates = lapply(
    split(ids, plate_ids),
    matrix,
    nrow = nrow,
    dimnames = list(LETTERS[seq_len(nrow)], seq_len(n %/% nrow))
)

也就是说，考虑一下矩阵列表是否是最方便使用的格式：最好有一个更高维的标识符数组；或仅是一个数据框（带有其他信息，例如每个孔的强度或其他度量值）。

要生成一个三维板阵列，下面的代码就足够了：

dim = c(nrow, n %/% nrow, length(ids) %/% n)
dimnames = list(LETTERS[seq_len(nrow)], seq_len(n %/% nrow), NULL)
plates = array(ids, dim = dim, dimnames = dimnames)

...假设ids已经被填充为上面代码中96的倍数。

r将样品成型为多个数据框（96孔板）

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