如何用R中的一些嵌套因素进行不平衡的模型II和模型III分析？

Question

我继承了一个用于分析的数据集，由于后勤工作和项目实地工作的突然结束，该数据集相当混乱……它非常不平衡！我对如何在R中处理它迷失了，因为我之前只做过平衡的I型ANOVA。

对于那些感到额外耐心和慈善的人来说，这是一连串的问题！！我什至不确定是否可以在Stack Overflow上允许这种问题，所以请让我知道是否可以，我将其删除。

在这里……

实验设计如下：

因素如下：

我不确定我在上表中对距离的分类...有什么想法吗？

我实际上要问的数据问题是：

1. 是使用每个深孔的单个坑捕获BD的变化，还是有必要在每个站点的多个坑中进行挖掘和采样？ （本质上，这是一个方法论问题）

只有灌木丛有多个凹坑，所以我只能使用灌木丛的土地覆盖物来回答这个问题。

1. 土地覆盖会影响BD吗？

2. 在灌木丛土地覆盖层中，BD是否随距运河的距离而变化？

我想检查一下我的问题的模型结构。我的猜测是：

问题1和3 ：（仅使用清理数据）：

BD ~ ((transect/dipwell)*distance)/pit*depth

我几乎100％确信这是错误的，因为我不知道如何正确地包含距离。没有距离，我就会有

BD~(transect/dipwell/pit)*depth.  

您如何在其中粘贴非嵌套因素？可以吗？

问题2（使用整个数据框）：

BD~(landcover/transect/dipwell/pit)*depth)

继续分析上面的内容，我敢肯定aov函数是不合适的，因为它只能处理均衡的Model I情况。所以我认为我可以使用lm。我知道这可以用于模型III的情况，是否可以用于模型II（即问题1和3）？但是，我以前从未使用过此功能，有人可以将我定向到可以使我一步一步前进的资源吗？公开接受其他建议。

我已经使用谷歌搜索解决方案已有几天了，但是由于这种特殊情况，我找不到我所需要的。

非常感谢！