R中的图像分析：将TIFF图像与相应的点图案匹配进行匹配

Question

所以我在R中使用spatstat包，并分析TIFF分割蒙版图像以及相应的平面点图案（仅使用分割后的对象质心的X，Y坐标）。

为清楚起见，平面点图案对象包含TIFF分割图像中对象的X，Y坐标（质心）。我试图以分层的方式绘制X，Y坐标，以显示蒙版和质心。

但是，当我加载包含边界可视图像的TIFF图像时，会指向窗口。 TIFF图像的尺寸为2800X2800

vim
integer-valued pixel image
2800 x 2800 pixel array (ny, nx)
enclosing rectangle: [0, 2800] x [0, 2800] micrometer

对应的点模式范围为（X：2X700）和Y：（2X700）。

types$RB
Planar point pattern: 835 points
window: rectangle = [2.1364, 699.1579] x [1.5143, 699.3214] units (one unit = 2 micrometer)

如何使用“ spatmat”或其他图像分析包在R中将这两个坐标空间对齐？
 如何在分割蒙版上对齐质心的坐标？
  我可以尝试重新缩放类型$ RB对象，以使其具有与TIFF图像相同的尺寸，但是这看起来并不像匹配项。

更新： 对于这种方法，我认为需要从TIFF文件创建形状文件。然后开始将质心（X，Y）坐标叠加在从TIFF图获得的形状文件上。

因此，该图像显示了RGB图像，并且在R中使用EBImage，我能够绘制将红色像素分段的洋红色/黄色区域。但是我不确定如何创建形状文件和标识坐标。我可以将多边形（洋红色/黄色）创建为绘制对象。但是我需要创建一个类似于费城图像的多边形地图。   费城是一个已保存属性的形状对象，但是从我的TIFF中，我只能在原始TIFF上进行绘制，但是我正在尝试创建绘制区域的自定义地理。